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Pedro M. Barros earned his Ph.D. in Molecular Biology from Universidade Nova de Lisboa (2012) and a MSc. degree in Bioinformatics and Computational Biology from Universidade de Lisboa (2018). He is currently an Assistant Researcher at ITQB NOVA in the Plant Functional Genomics Laboratory. He co-coordinates the Phenotyping and Data Management group of the GREEN-IT BioResources for Sustainability Research Unit (ITQB NOVA) and the Plant Sciences Community at Biodata.pt (ELIXIR Europe, PT node), where he promotes FAIR data management practices. His expertise lies in plant molecular biology and bioinformatics, with a particular focus on the molecular mechanisms underlying plant adaptation to environmental challenges, especially in woody and herbaceous species of national relevance. His previous research has focused on the effects of drought and microbiomes on cork oak physiology and secondary growth (including cork development), complemented by studies on periderm formation in Arabidopsis roots as a model system. He also maintains the CorkOakDB web portal for genome browsing and data visualization. Pedro currently leads the PearGAIN project (2026-29), which aims to develop new biotechnological solutions to increase pear resistance to fire blight, and he is co-leader of the Rice2B project (2022-26), focused on developing multi-biofortification strategies in rice with vitamins B1 and B2. Pedro participated in other 10+ research projects as researcher and one as PI. Pedro has published over 26 peer-reviewed articles in leading plant science journals, including Molecular Plant (2020), The Plant Journal (2022), Environmental and Experimental Botany (2024, 2019), Tree Physiology (2021, 2012), and the Journal of Experimental Botany (2016, 2012), as well as three book chapters. He has established strong national and international collaborations with researchers in Portugal, Spain, France, Germany, Belgium, Slovenia, the United Kingdom, and Brazil. Pedro currently supervises six Ph.D. students (three nearing completion) and two M.Sc. students, and has supervised seven M.Sc. dissertations (co-supervised one), and mentored five early-career researchers. He co-coordinates and teaches two curricular units in the MSc in Plant Biology for Sustainable Agriculture at ITQB NOVA (Biostatistics; Data Science and Programming). Since 2021, he has been an Invited Adjunct Professor at the Instituto Politécnico de Setúbal (BSc. level).
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Pedro Miguel Rodrigues de Barros
Data de nascimento
1982/06/05

Nomes de citação

  • Barros, Pedro
  • Barros, P.M.
  • Barros, Pedro M.

Identificadores de autor

Ciência ID
661B-B069-AF90
ORCID iD
0000-0001-5626-0619
Google Scholar ID
https://scholar.google.com/citations?user=FFn4aUUAAAAJ&hl=en
Researcher Id
J-3613-2013
Scopus Author Id
55307829400

Endereços de correio eletrónico

  • pbarros@itqb.unl.pt (Profissional)

Telefones

Telefone
  • 214469660 (Profissional)

Moradas

  • ITQB-UNL and IBET. Av. da República, Estação Agronómica Nacional, 2780-157, Oeiras, Oeiras, Portugal (Profissional)

Websites

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Fitologia
  • Ciências Agrárias - Agricultura, Silvicultura e Pescas - Silvicultura
  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador elementar (A1) Utilizador independente (B1)
Português (Idioma materno)
Formação
Grau Classificação
2018/01
Concluído
 Bioinformatics and Computational Biology (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
"Alternative splicing detection across different tissues in cork oak" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17
2012
Concluído
 Molecular Biology (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
"Insights into the role of almond CBF transcription factors in the environmental control of cold acclimation and dormancy break" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 Aprovado, por unanimidade
2005
Concluído
 Biology (Licenciatura)
Universidade de Évora, Portugal
"Development of CAPS markers associated to tolerance/susceptibility to Fusicoccum amygdali and search for resistance genes in almond (Prunus dulcis Mill.)" (TESE/DISSERTAÇÃO)
 16
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento		 Empregador
2025/05/01 - Atual Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2019/01/02 - 2024/12/31 Investigador Contratado (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2013/01/01 - 2018/12/31 Pós-doutorado (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2012/06/15 - 2013/12/15 Pós-doutorado (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2011/10/01 - 2012/05/31 Investigador (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2006/01/02 - 2006/11/30 Investigador (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2005/01/03 - 2005/12/30 Estagiário de Investigação (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento		 Empregador
2021/11/02 - Atual Professor Adjunto Convidado (Docente Ensino Superior Politécnico) Instituto Politécnico de Setúbal, Portugal
Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Saúde, Portugal

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento		 Empregador
2016/11/01 - 2017/02/28 Invited researcher, within the Cork Oak Genome Sequencing consortium (GENOSUBER). Bioinformatic analysis of RNA-seq data and transcriptome annotation. Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal
2007/04/02 - 2011/03/31 PhD student (fellowship SFRH/BD/31594/2006 from FCT). Functional characterization of two transcription factors from almond, responsive to cold stress and involved in seasonal development (with focus o Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2005/04/22 - 2005/05/26 Diploma student (training period under supervision of Prof. Ma Rongcai). Sequencing and phylogenetic analysis of NBS-LRR genes involved in biotic stress in almond. Beijing Agro-Biotechnology Research Center, China
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2024/07/09 - Atual Uncovering root traits affected by a RING E3-ubiquitin ligase involved in rice osmotic stress response (ref. 24-C1-Agro-TNA-004)
101058020
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
 Horizon Europe
Concluído
2023/09/01 - Atual FCT LA LS4Future: Life Sciences for a Healthy and Sustainable Future
LA/P/0087/2020
10.54499/LA/P/0087/2020
GREEN-IT, Portugal

Instituto Português de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil EPE, Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Centro de Investigação e de Tecnologias Agro-Ambientais e Biologicas, Portugal

Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal

Universidade de Lisboa Centro de Estudos Comparatistas, Portugal

Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal

Universidade Nova de Lisboa, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Molecular Structural and Cellular Microbiology, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso

Projeto

Designação Financiadores
2026/03/01 - Atual PearGAIN - Enhancing Pear resistance aGAINst fire blight: from natural resilience to regulation of susceptibility genes through New Genomic Techniques
LISBOA2030-FEDER-00705000
10.54499/2023.17358.ICDT
Investigador responsável
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

GREEN-IT, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e das Pescas, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2025/10/01 - Atual PHENET - Tools and methods for extended plant PHENotyping and EnviroTyping services of European Research Infrastructures
Grant n. 101094587
Investigador
Universidade Nova de Lisboa, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

INRA, França
 Commission of the European Communities
Em curso
2023/09/01 - Atual FCT LA LS4Future: Life Sciences for a Healthy and Sustainable Future (team member)
LA/P/0087/2020
10.54499/LA/P/0087/2020
GREEN-IT, Portugal

Instituto Português de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil EPE, Portugal

Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro Centro de Investigação e de Tecnologias Agro-Ambientais e Biologicas, Portugal

Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal

Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal

Universidade de Lisboa Centro de Estudos Comparatistas, Portugal

Universidade Nova de Lisboa, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Molecular Structural and Cellular Microbiology, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2025/01/01 - 2026/05/31 E-PAN: Enhancing pan-genome analysis in plants (WP2). Elixir Commissioned Services (project 2024-SCIENCE-BFSP)
2024-SCIENCE-BFSP
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

ELIXIR, Reino Unido
 ELIXIR
Concluído
2023/01/01 - 2025/12/31 Modelling vitamins B1 and B2 biosynthesis and biofortification in rice
2022.02916.PTDC
10.54499/2022.02916.PTDC
Co-Investigador Responsável (Co-IR)
Universidade Nova de Lisboa, Portugal

Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/01/01 - 2025/12/31 Life Sciences for a Healthy and Sustainable Future
LA/P/0087/2020
Universidade Nova de Lisboa Microbiologia Molecular Estrutural e Celular, Portugal

Instituto Português de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil EPE, Portugal

Fundação Calouste Gulbenkian, Portugal

Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal

Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal

BioResources 4 Sustainability, Portugal

Universidade NOVA de Lisboa, Portugal

iNOVA4Health, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
2021/07/01 - 2025/06/30 EpiCork: Unveiling the role of DNA methylation in periderm and lenticel formation
PTDC/ASP-SIL/1717/2020
Investigador
FCiênciasID Associação para a Investigação e Desenvolvimento de Ciências, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2023/03/01 - 2024/12/31 Durable resistance against the causal agent of powdery mildew (Erysiphe pisi) in grass pea (Lathyrus sativus L.): Exploring transcriptomic variation to develop molecular breeding tools for legumes
2022.08266.PTDC
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2023/01/01 - 2024/12/31 SONG: Suberin Production and exploitation for mOdulating fuNGal development
2022.06750.PTDC
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2020/09/01 - 2024/10 TRACE-RICE: Tracing rice and valorizing side streams along Mediterranean blockchain
1934
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

INIAP, Portugal
 Partnership for Research and Innovation in the Mediterranean Area
Concluído
2022/01/03 - 2024/01/02 CorkREMODEL: Unveiling genetic REgulatory MOdules acting on the crosstalk between cork Development and EnvironmentaL factors
EXPL/ASP-SIL/1190/2021
Investigador responsável
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal

BioResources 4 Sustainability, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2021/06/01 - 2023/05/31 Increasing Plant data findability and reuse beyond ELIXIR
INCREASING
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 European Commission

ELIXIR
Concluído
2018/10/12 - 2022/09/30 Cork formation and suberin deposition: the role of water and heat stress (SuberInStress)
PTDC/BIA-FBT/29704/2017
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2019/01/01 - 2022/03/31 RicePIFs - How do Phytocrome Interacting Factors mediate the cross-talk between light and temperature signaling in rice
PTDC/BIA-FBT/31070/2017
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2017/06/01 - 2021/06/01 Biodata.pt - Infraestrutura Portuguesa de Dados Biológicos - Portuguese Biological Data Network
LISBOA-01-0145-FEDER-022231
Investigador
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2019/01/01 - 2019/12/31 Bioresources 4 Sustainability
UID/Multi/04551/2019
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

Fundação Calouste Gulbenkian, Portugal

Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal

BioResources 4 Sustainability, Portugal

Universidade NOVA de Lisboa, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2012/03 - 2015/09 An integrated approach to identify stress-related regulatory genes in cork oak (SuberStress)
Provided by PTCRIS: 118505
Bolseiro de Investigação
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2013 - 2015 GENOSUBER: Cork oak genome sequencing project
INALENTEJO 2007.2013
Investigador
Centro de Biotecnologia Agrícola e Agro-Alimentar do Alentejo, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 INALENTEJO - Programa Operacional Regional do Alentejo 2007/2013
Concluído
2013/01/01 - 2014/12/31 Projecto Estratégico - LA 4 - 2013-2014
PEst-OE/EQB/LA0004/2013
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

Fundação Calouste Gulbenkian, Portugal

Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Medical School, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2011/01/01 - 2012/12/31 Strategic Project - LA 4 - 2011-2012
PEst-OE/EQB/LA0004/2011
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

Fundação Calouste Gulbenkian, Portugal

Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Portugal

Universidade NOVA de Lisboa NOVA Medical School, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2008/02/15 - 2012/02/14 Chromatin remodelling and abiotic stresses responses in rice.
PTDC/BIA-BCM/64215/2006
Bolseiro de Investigação
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2006/01/01 - 2006/11/30 Transcription factors regulating abiotic stress responses in rice (Oryza sativa L.): a transgenic approach to improve tolerance, and search for novel players.
info:eu-repo/grantAgreement/FCT/POCI/56063/PT
Bolseiro de Investigação
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Rodrigues, Hugo M; Barros, Pedro M.; Ramiro, Ricardo S; Sirsat, Manisha; Oliveira, M.Margarida. "Drones and Artificial Intelligence to optimize Portuguese Rice Cultivation". Trabalho apresentado em European Plant Phenomics conference 2025, Bonn, 2025.
    Aceite para publicação • European Plant Phenomics conference 2025
Artigo em revista
  1. Heuermann, Marc C.; Barros, Pedro M.; Beier, Sebastian; Gundlach, Heidrun; Alvarez-Jarreta, Jorge; Hassani-Pak, Keywan; König, Patrick; et al. "White paper: standards for handling and analyzing plant pan-genomes". F1000Research 14 (2025): 739. https://doi.org/10.12688/f1000research.166538.2.
    Acesso aberto • Publicado • 10.12688/f1000research.166538.1
  2. Rodrigues, Hugo M.; Vieira, M. Beatriz; Barros, Pedro M.; Oliveira, M. Margarida. Autor correspondente: Barros, Pedro M.. "Whole-genome polymorphisms and relatedness of rice varieties circulating in the Mediterranean market". Scientific Reports 15 1 (2025): 40300. https://doi.org/10.1038/s41598-025-23999-5.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1038/s41598-025-23999-5
  3. Rita Maravilha Marques; Telma Fernandes; Barros, Pedro; Susana Trindade Leitão; Rubiales, Diego; Maria Carlota Vaz Patto; Santos, Carmen. "A dual transcriptome analysis reveals accession-specific resistance responses in Lathyrus sativus against Erysiphe pisi". Frontiers in Plant Science 16:1542926 (2025): https://doi.org/10.3389/fpls.2025.1542926.
    Acesso aberto • Publicado • https://doi.org/10.3389/fpls.2025.1542926
  4. Fernandes, Telma; Gonçalves, Nuno M.; Matiolli, Cleverson C.; Rodrigues, Mafalda A. A.; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida; Abreu, Isabel A.. "SUMOylation of rice DELLA SLR1 modulates transcriptional responses and improves yield under salt stress". Planta 260 136 (2024): https://doi.org/10.1007/s00425-024-04565-1.
    Publicado • 10.1007/s00425-024-04565-1
  5. Catarino, Bruno; Andrade, Luís; Cordeiro, André M.; Carvalho, Pedro; Barros, Pedro M.; Blázquez, Miguel A; Saibo, Nelson. "Light and temperature signals are integrated through a phyB-dependent gene regulatory network in rice". Journal of Experimental Botany (2024): http://dx.doi.org/10.1093/jxb/erae402.
    Aceite para publicação • 10.1093/jxb/erae402
  6. Barros, Pedro M.; Sapeta, Helena; Lucas, Diogo A.; Oliveira, M.Margarida. Autor correspondente: Barros, Pedro M.. "The impact of drought on phellem development: Identification of novel gene regulators and evidence of photosynthetic activity in cork oak stems". Environmental and Experimental Botany 224 (2024): 105785. http://dx.doi.org/10.1016/j.envexpbot.2024.105785.
    Acesso aberto • 10.1016/j.envexpbot.2024.105785
  7. Usié, A.; Serra, Octávio; Barros, Pedro M.; Barbosa, Pedro; Leão, Célia; Capote, Tiago; Almeida, Tânia; et al. Autor correspondente: Barros, Pedro M.. "An improved reference genome and first organelle genomes of <i>Quercus suber</i>". Tree Genetics & Genomes 19 54 (2023): https://doi.org/10.1007/s11295-023-01624-8.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1007/s11295-023-01624-8
  8. Misra, Chandra Shekhar; Sousa, António G G; Barros, Pedro M.; Kermanov, Anton; Becker, J. Autor correspondente: Becker, J. "Cell-type-specific alternative splicing in the Arabidopsis germline". Plant Physiology (2022): https://doi.org/10.1093/plphys/kiac574.
    Publicado • 10.1093/plphys/kiac574
  9. Leal, Ana; Belo, Joana; Beeckman, T; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida. Autor correspondente: Barros, Pedro M.. "The Combined Effect of Heat and Osmotic Stress on Suberization of Arabidopsis Roots". Cells 11 15 (2022): 2341. http://dx.doi.org/10.3390/cells11152341.
    Acesso aberto • 10.3390/cells11152341
  10. Leal, Ana; Barros, Pedro M.; Parizot, Boris; Sapeta, Helena; Vangheluwe, Nick; Andersen, Tonni Grube; Beeckman, Tom; Oliveira, M.Margarida. "Translational profile of developing phellem cells in <i>Arabidopsis thaliana</i> roots". The Plant Journal 110 3 (2022): 899-915. http://dx.doi.org/10.1111/tpj.15691.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1111/tpj.15691
  11. Dias, M.C.; Santos, C.; Araújo, M.; Barros, P.M.; Oliveira, M.M.; Ferreira de Oliveira, José Miguel P.. "Quercus suber Roots Activate Antioxidant and Membrane Protective Processes in Response to High Salinity". Plants 11 4 (2022): 557. https://www.mdpi.com/2223-7747/11/4/557/htm.
    Publicado • 10.3390/plants11040557
  12. Leal, Ana; Sapeta, Helena; Beeckman, T; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida. Autor correspondente: Barros, Pedro M.. "Spatiotemporal development of suberized barriers in cork oak taproots". Tree Physiology 42 6 (2021): 1269-1285. http://dx.doi.org/10.1093/treephys/tpab176.
    Acesso aberto • 10.1093/treephys/tpab176
  13. Arias-Baldrich, Cirenia; Silva, Marta Contreiras; Bergeretti, Filippo; Chaves, Inês; Miguel, Célia; Saibo, Nelson J M; Sobral, Daniel; Faria, Daniel; Barros, Pedro M. Autor correspondente: Barros, Pedro M. "CorkOakDB - The Cork Oak Genome Database Portal". Database 2020 (2020): http://dx.doi.org/10.1093/database/baaa114.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1093/database/baaa114
  14. Amaral, Marcelo Nogueira; Auler, Priscila Ariane; Rossatto, Tatiana; Barros, Pedro M.; Oliveira, M. Margarida; Braga, Eugenia Jacira Bolacel. "Long-term somatic memory of salinity unveiled from physiological, biochemical and epigenetic responses in two contrasting rice genotypes". Physiologia Plantarum 170 2 (2020): 248-268. http://dx.doi.org/10.1111/ppl.13149.
    Acesso aberto • Publicado • 10.1111/ppl.13149
  15. Fonini, Leila Spagnolo; Lazzarotto, Fernanda; Barros, Pedro M.; Cabreira-Cagliari, Caroline; Martins, Marcelo Affonso Begossi; Saibo, Nelson J.M.; Turchetto-Zolet, Andreia Carina; Margis-Pinheiro, Marcia. "Molecular evolution and diversification of the GRF transcription factor family". Genetics and Molecular Biology 43 3 (2020): http://dx.doi.org/10.1590/1678-4685-gmb-2020-0080.
    Publicado • 10.1590/1678-4685-gmb-2020-0080
  16. Niño-González, María; Novo-Uzal, Esther; Richardson, Dale N.; Barros, Pedro M.; Duque, Paula. "More Transporters, More Substrates: The Arabidopsis Major Facilitator Superfamily Revisited". Molecular Plant 12 9 (2019): 1182-1202. http://dx.doi.org/10.1016/j.molp.2019.07.003.
    Publicado • 10.1016/j.molp.2019.07.003
  17. Ferreira, Liliana J.; Donoghue, Mark T. A.; Barros, Pedro; Saibo, Nelson J.; Santos, Ana Paula; Oliveira, M. Margarida. "Uncovering Differentially Methylated Regions (DMRs) in a Salt-Tolerant Rice Variety under Stress: One Step towards New Regulatory Regions for Enhanced Salt Tolerance". Epigenomes 3 1 (2019): 4. http://dx.doi.org/10.3390/epigenomes3010004.
    Publicado • 10.3390/epigenomes3010004
  18. Borba, Ana Rita; Serra, Tânia S; Górska, Alicja; Gouveia, Paulo; Cordeiro, André M; Reyna-Llorens, Ivan; Knerová, Jana; et al. "Synergistic Binding of bHLH Transcription Factors to the Promoter of the Maize NADP-ME Gene Used in C4 Photosynthesis Is Based on an Ancient Code Found in the Ancestral C3 State". Molecular Biology and Evolution 35 7 (2018): 1690-1705. http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msy060.
    Publicado • 10.1093/molbev/msy060
  19. Chander, S.; Almeida, D.M.; Serra, T.S.; Jardim-Messeder, D.; Barros, P.M.; Lourenço, T.F.; Figueiredo, D.D.; et al. "OsICE1 transcription factor improves photosynthetic performance and reduces grain losses in rice plants subjected to drought". Environmental and Experimental Botany 150 (2018): 88-98. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85044649688&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1016/j.envexpbot.2018.02.004
  20. Ramos, A.M.; Usié, A.; Barbosa, P.; Barros, P.M.; Capote, T.; Chaves, I.; Simões, F.; et al. "The draft genome sequence of cork oak". Scientific Data 5 (2018): https://www.nature.com/articles/sdata201869.
    Publicado • 10.1038/sdata.2018.69
  21. Barros, P.M.; Inácio, V.; Costa, A.; Roussado, C.; Gonçalves, E.; Costa, R.; Graça, J.; Oliveira, M.M.; Morais-Cecílio, L.. "Differential DNA methylation patterns are related to phellogen origin and quality of Quercus suber cork". PLoS ONE 12 1 (2017): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85008186367&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1371/journal.pone.0169018
  22. Barros, P.M.; Cherian, S.; Costa, M.; Sapeta, H.; Saibo, N.J.M.; Oliveira, M.M.. "The identification of almond GIGANTEA gene and its expression under cold stress, variable photoperiod, and seasonal dormancy". Biologia Plantarum 61 4 (2017): 631-640. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85011286681&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1007/s10535-017-0711-1
  23. Sapeta, H.; Lourenço, T.; Lorenz, S.; Grumaz, C.; Kirstahler, P.; Barros, P.M.; Costa, J.M.; Sohn, K.; Oliveira, M.M.. "Transcriptomics and physiological analyses reveal co-ordinated alteration of metabolic pathways in Jatropha curcas drought tolerance". Journal of Experimental Botany 67 3 (2016): 845-860. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84964403705&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1093/jxb/erv499
  24. Figueiredo, D.D.; Barros, P.M.; Cordeiro, A.M.; Serra, T.S.; Lourenço, T.; Chander, S.; Oliveira, M.M.; Saibo, N.J.M.. "Seven zinc-finger transcription factors are novel regulators of the stress responsive gene OsDREB1B". Journal of Experimental Botany 63 10 (2012): 3643-3656. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84863699966&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1093/jxb/ers035
  25. Barros, P.M.; Gonçalves, N.; Saibo, N.J.M.; Oliveira, M.M.. "Cold acclimation and floral development in almond bud break: Insights into the regulatory pathways". Journal of Experimental Botany 63 12 (2012): 4585-4596. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84866427070&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1093/jxb/ers144
  26. Barros, P.M.; Gonçalves, N.; Saibo, N.J.M.; Margarida Oliveira, M.. "Functional characterization of two almond C-repeat-binding factors involved in cold response". Tree Physiology 32 9 (2012): 1113-1128. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84866390475&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1093/treephys/tps067
  27. Santos, A.P.; Serra, T.; Figueiredo, D.D.; Barros, P.; Lourenço, T.; Chander, S.; Oliveira, M.M.; Saibo, N.J.M.. "Transcription regulation of abiotic stress responses in rice: A combined action of transcription factors and epigenetic mechanisms". OMICS A Journal of Integrative Biology 15 12 (2011): 839-857. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84055193729&partnerID=MN8TOARS.
    Publicado • 10.1089/omi.2011.0095
Artigo em revista (magazine)
  1. Oliveira, M.Margarida; Faustino, Maria V.; Gonçalves, Ivan; Barros, Pedro M.; Lourenço, Tiago; Almeida, Ana Sofia. "Rice2B - Um projecto para a biofortificação do arroz em vitaminas B1 e B2", Vida Rural - Revista Profissional de Agronegócios, 2025, https://www.vidarural.pt/premium/rice2b-biofortificacao-arroz-b1-b2/.
  2. Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida. "Ferramentas moleculares para compreender a formação da cortiça", Vida Rural - Revista Profissional de Agronegócios, 2023, https://www.vidarural.pt/premium/ferramentas-compreender-formacao-cortica/.
Capítulo de livro
  1. Barros, Pedro M.; Sapeta, H.; Belo, Joana; Leal, Ana; Oliveira, M.Margarida. Autor correspondente: Barros, Pedro M.. "The root periderm". In Plant Roots: The Hidden Half, editado por Beeckman, T; Eshel, Amram, 104-118. Boca Raton, Estados Unidos: CRC Press - Taylor & Francis Group, 2024.
    Publicado • 10.1201/b23126-8
  2. Barros, Pedro M.; Martinez-­Gomez, P.; Kodad, O.; Farinha, A.P.; Oliveira, M. Margarida. "Prunus dulcis syn. Prunus amygdalus Almond". In Biotechnology of fruit and nut crops, editado por Litz, Richard E.; Pliego-Alfaro, Fernando; Hormoza, Jose Ignacio, 561-580. Wallingford, Reino Unido: CABI, 2020.
    Publicado • 10.1079/9781780648279.0561
  3. Lourenço, Tiago F.; Barros, Pedro M.; Saibo, Nelson J. M.; Abreu, Isabel A.; Santos, Ana Paula; António, Carla; Pereira, João S.; Oliveira, M. Margarida. "Genomics of Drought". In Plant Genomics and Climate Change, editado por Edwards, David; Batley, Jacqueline, 85-135. Springer New York, 2016.
    Publicado • 10.1007/978-1-4939-3536-9_5
Poster em conferência
  1. Barros, Pedro M.; Santos, Raquel; Morais-Cecílio, Leonor; MAURY, Stephane; Miguel, CM; Inácio, Vera. "Gene co-expression analysis identifies candidate epigenetic regulatory modules of periderm development". Trabalho apresentado em Plant Biology Europe 2025, Budapest, 2025.
    10.5281/zenodo.15862568
  2. Belo, Joana; Barros, Pedro M.; Castrillo, G.; Oliveira, M.Margarida. Autor correspondente: Belo, Joana. "Caracterização do microbioma endófito da cortiça para identificação de bactérias promotoras do crescimento vegetal". Trabalho apresentado em V Congresso Ibérico da Dehesa e do Montado, 2024.
  3. Rodrigues, Hugo; Vieira, M. Beatriz; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida. Autor correspondente: Oliveira, M.Margarida. "Whole-genome polymorphisms of rice varieties circulating in the European Market". Trabalho apresentado em V Encontro Internacional da Sociedade Portuguesa de Genética, 2024.
  4. Catarina C. Monteiro; Catarino, Bruno; Cordeiro, André M.; Neves, Sofia; Luís Andrade; Klose, Cornelia; Barros, Pedro; et al. Autor correspondente: Saibo, Nelson J.M.. "Phytochromes and PIFs as key players in light and temperature regulation of rice seedling development". Trabalho apresentado em 21st International Symposium on Rice Functional Genomics (ISRFG 2024), 2024.
  5. Catarina C. Monteiro; Cordeiro, André M.; Neves, Sofia; Klose, Cornelia; Guilherme Leitão; João Costa; Barros, Pedro; Hiltbrunner, Andreas; Saibo, Nelson J.M. . Autor correspondente: Catarina C. Monteiro. "Phytochromes and PIFs are key players in rice seedling development mediated by light and temperature". Trabalho apresentado em Young Researchers Symposium on Plant Photobiology 2024 (YRSPP2024), 2024.
  6. Catarina C. Monteiro; Cordeiro, André M.; Neves, Sofia; Leitão, Guilherme; Costa, João; Barros, Pedro; Klose, Cornelia; Hiltbrunner, Andreas; Saibo, Nelson. "Phytochromes and PIFs are important players in light and temperature-mediated rice development". Trabalho apresentado em Department of Molecular Plant Sciences Symposium, 2024.
  7. Vieira, Maria Beatriz; Barros, Pedro M.; Lourenço, Tiago Filipe; Oliveira, M.Margarida. "Tackling Rice Fraudulent Variety Claims: Identification of Molecular Markers with Discriminating Potential". Trabalho apresentado em 20th International Symposium on Rice Functional Genomics (ISRFG2023), 2023.
  8. Belo, J.; Barros, P.M.; Castrillo, G.; Oliveira, M.M.. "Cork oak endophytic bacteria: Potential for plant growth promotion". Trabalho apresentado em 2nd Microbiome PT Summit, 2023.
  9. Rita Maravilha Marques; Barros, Pedro; Leitão, Susana T.; Diego Rubiales; Maria Carlota Vaz Patto; Santos, Carmen. "Comparative transcriptomics reveals accession and time-point-specific Gene expression patterns in grass pea (Lathyrus sativus) upon Erysiphe pisi infection..". Trabalho apresentado em 4th International Legume Society Conference., 2023.
  10. Belo, J; Barros, Pedro M.; Castrillo, G; Oliveira, M.Margarida. "Cork oak acorns, a promising source of plant growth-promoting bacteria". Trabalho apresentado em Plant Biology 2023 | XVIII Portuguese-Spanish Congress of Plant Biology, 2023.
  11. Bergeretti, Filippo; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida. "A comparative genomics approach to assess interspecific variability associated with cork development". Trabalho apresentado em Plant Biology 2023 | XVIII Portuguese-Spanish Congress of Plant Biology, 2023.
  12. Vieira, M. Beatriz; Barros, Pedro M.; Lourenço, Tiago F.; Oliveira, M.Margarida. Autor correspondente: Oliveira, M.Margarida. "Workflow for identification of InDel markers for rice (Oryza sativa) varietal discrimination". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days XII Edition, 2023.
  13. Santos, Raquel; Prazeres, Rafael; Ana Milhinhos; Barros, Pedro; Graça, José; Morais-Cecílio, Leonor; Miguel, Célia; Inácio, Vera. "EpiCORK: Unveiling the role of DNA methylation in periderm formation". Trabalho apresentado em Ciências Research Day 2022, 2022.
  14. Barros, Pedro M.; Chaves, Inês; Costa, Bruno Vasques; Faria, Daniel; Marum, Liliana; Miguel, Célia M.; Saibo, Nelson; et al. "Data management in Plant Sciences: update on the BioData.pt Plant Sciences community". Trabalho apresentado em 1st All Hands / 3rd Technical Meeting of BIODATA.PT | ELIXIR PT, 2022.
    10.5281/zenodo.7181784
  15. Cordeiro, A.M.; Luís Andrade; Vicente Thiago Candido Barros Alencar; Catarina C. Monteiro; Sofia Neves; Ayrton Markos da Silva; Yunlong Lu; et al. "Phytochromes and Phytochrome Interacting Factors regulate rice development from seed to seed". Trabalho apresentado em I Ibero-latinamerican Congress of Plant Biology, 2022.
  16. Barros, Pedro M.; Sapeta, H.; Lucas, D.; Rodrigues, Hugo; Oliveira, M.M.. Autor correspondente: Barros, Pedro M.. "Identification of cork oak genetic modules regulating phellem development in response to drought". Trabalho apresentado em 20th IUFRO Tree Biotech and 2nd Forest Tree Molecular Biology and Biotechnology Conference, 2022.
    10.5281/zenodo.7225240
  17. Belo, J.; Barros, Pedro M.; Castrillo, G; Oliveira, M.Margarida. "Unveiling the impact of endophytic microbiome on cork development and suberin biosynthesis". Trabalho apresentado em 20th IUFRO Tree Biotech and 2nd Forest Tree Molecular Biology and Biotechnology Conference, 2022.
  18. Prazeres, Rafael; Ana Milhinhos; Barros, Pedro; Graça, José; Morais-Cecílio, Leonor; Miguel, Célia; Inácio, Vera. "Unravelling the role of DNA methylation in cork formation". Trabalho apresentado em The 20th IUFRO Tree Biotech and the 2nd FTMB (Forest Tree Molecular Biology and Biotechnology) Conference, 2022.
  19. OLIVEIRA, JORGE; Ventura-Costa, Carolina; Faria, Daniel; Barros, Pedro; Chaves, Inês; Antunes, Célia M.; Paixão, Tiago; et al. Autor correspondente: OLIVEIRA, JORGE. "Setting the ground for Biological Data Management and Interoperability in Portugal". Trabalho apresentado em ELIXIR All Hands, Amsterdam, 2022.
    10.7490/f1000research.1118983.1
  20. Belo, Joana; Barros, Pedro M.; Castrillo, G; Oliveira, M.Margarida. "Unveiling the impact of endophytic microbiome on cork development and suberin biosynthesis". Trabalho apresentado em Encontro Ciência 2022, Lisbon, Portugal, 2022.
  21. Sapeta, H.; Barros, P.M.; Lucas, D.; Leal, Ana; Oliveira, M.M.. "Impact of different irrigation regimes on the regulation of suberin synthesis and cork development". Trabalho apresentado em FESPB/EPSO Plant Biology Europe 2021, Torino, Italy, 2021.
  22. Cordeiro, A.M.; Catarina C. Monteiro; Guilherme Leitão; João Costa; Barros, Pedro; Lourenço, Tiago; Saibo, Nelson J.M.. "OsPIL15 and OsPIL16 are key inducers of coleoptile growth in rice". Trabalho apresentado em Plant Biology Europe 2021, 2021.
  23. Leal, A.R.; Barros, P.M.; Parizot, B.; Belo, J.; Vangheluwe, N.; Beeckman, T.; Oliveira, M.M.. "Understanding the molecular regulation of periderm suberization in root secondary growth". Trabalho apresentado em Plant Apoplastic Diffusion Barriers - Bonn (Germany), 2019.
  24. Leal, A.; Barros, Pedro; Parizot, B.; Belo, Joana; Vangheluwe, N.; Beeckman, T; Oliveira, M.Margarida. "Revealing the mechanisms underlying peridermis suberization in Arabidopsis and Cork Oak". Trabalho apresentado em XVI Spanish-Portuguese Congress of Plant Physiology, 2019.
  25. Barros, P.M.; Usié, A.; Barbosa, P.; Arias-Baldrich, C.; Silva, M.C.; Saibo, N.J.M.; Chaves, I.; et al. "The cork oak genome assembly project". Trabalho apresentado em IUFRO Tree Biotechnology 2019 - Raleigh (USA), 2019.
  26. Leal, A.R.; Barros, P.M.; Parizot, B.; Belo, J.; Vangheluwe, N.; Beeckman, T.; Oliveira, M.M.. "Revealing the mechanisms underlying peridermis suberization in Arabidopsis and Cork Oak". Trabalho apresentado em At the Forefront of Plant Research - Barcelona (Spain), 2019.
  27. Barros, P.M.; Barbosa, P.; Usié, A.; Pesquita, C.; Ramos, A.M.. "Alternative splicing detection across different tissues in cork oak". Trabalho apresentado em Bioinformatics Open Days - Braga (Portugal), 2017.
  28. Sapeta, Helena; Lourenço, Tiago Filipe; Lorenz, S.; Grumaz, C.; Kirstahler, P.; Barros, Pedro M.; Miguel, JM; Sohn, K.; Oliveira, M.Margarida. "Drought and subsequent recovery behaviour of the biodiesel plant Jatropha curcas: Integrating transcriptomics and physiology". Trabalho apresentado em Ciência 2016 - Science and Technology in Portugal Meeting, 2016.
  29. Inácio, V.; Barros, P.M.; Roussado, C.; Costa, A.; Gonçalves, E.; Costa, R.; Graça, J.; Oliveira, M.M.; Morais-Cecílio, L.. "Differential DNA methylation patterns in Quercus suber are related to cork quality". Trabalho apresentado em IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics - Arcachon (France), 2016.
  30. Barros, P.M.; Leal, A.R.; Vieira, N.; Lourenço, T.; Saibo, N.; Oliveira, M.M. "Uncovering molecular regulators of cork oak stress response and cork differentiation". Trabalho apresentado em 11th International congress of Plant Molecular Biology, Iguazú Falls, Brazil, 2015.
  31. Barros, P.M.; Leal, A.; Vieira, N.; Reis, F; Hardoim, P.; Coelho, A.C.; Tavares, R.M.; et al. "SuberStress - An integrated approach to identify regulatory genes in the crosstalk between abiotic and biotic stress response in cork oak". Trabalho apresentado em IUFRO Tree Biotechnology, Florence, Italy, 2015.
  32. Leal, A.R.; Vieira, N.; Barros, P.M.; Lourenço, T.; Saibo, N.; Oliveira, M.M.. "Assessing the role of a Quercus suber Omega-3 fatty acid desaturase in the response to biotic and abiotic stresses". Trabalho apresentado em IUFRO Tree Biotechnology, Florence, Italy, 2015.
  33. Leal, A.; Vieira, N.; Reis, F.; Hardoim, P.R.; Barros, Pedro M.; Coelho, A.C.; Tavares, T.M.; et al. "Searching for cork oak genes involved in the cross-talk between different stresses - the O3FAD omega 3 fatty acid desnaturase.". Trabalho apresentado em XVIII Congress of the Portuguese Biochemical Society, 2014.
  34. Chander, S.; Costa, J.M.; Serra, T.; Barros, P.M.; Oliveira, M.M.; Saibo, N.J.M.. "Over-expression of OsICE1 improves photosynthesis performance in rice plants under drought stress". Trabalho apresentado em International Congress on Photosynthesis Research (16th), St. Louis, USA, 2013.
  35. Vieira, Natacha; Barros, Pedro M.; Chaves, I.; Costa, Miguel; Ricardo, CP; Saibo, Nelson; Oliveira, M.Margarida. "SuberStress – An integrated approach to identify heat stress responsive regulatory genes in cork oak". Trabalho apresentado em XIII Congresso Luso-Espanhol de Fisiologia Vegetal (FV2013), 2013.
  36. Barros, P.M.; Gonçalves, N.; Saibo, N.J.M.; Oliveira, M.M.. "Two cold-responsive CBF genes are repressed after winter bud break in a fruit tree species.". Trabalho apresentado em Society for Experimental Biology (SEB) Annual Meeting, Salzburg, Austria, 2012.
  37. Barros, P.M.; Gonçalves, N.; Santos, A.P.; Saibo, N.J.M.; Oliveira, M.M.. "Differential regulation of two cold-responsive CBF transcription factors during early blooming in almond (Prunus dulcis Mill.).". Trabalho apresentado em XII Congreso Hispano-Luso de Fisiologi´a Vegetal, Castello´ de La Plana, Spain, 2011.
  38. Figueiredo, D.; Cordeiro, A.M.; Barros, Pedro; Serra, T.S.; Lourenço, Tiago; Tepperman, J.; Quail, P.H.; Oliveira, M.M.; Saibo, N.J.M. "The rice Phytochrome Interacting Factor 7 is a novel transcription factor mediating cold and light signaling responses". Trabalho apresentado em XVII National Congress of Biochemistry, 2010.
  39. Barros, P.M.; Saibo, N.J.M; Oliveira, M.M.. "Searching for upstream elements involved in the regulation of two almond CBF transcription factors". Trabalho apresentado em 28th International Horticultural Congress, Lisbon, Portugal, 2010.
  40. Figueiredo, Duarte; Serra, T.S.; Chander, S.; Lourenço, Tiago Filipe; Barros, Pedro M.; Almeida, Diego; Oliveira, M.Margarida; Saibo, Nelson. "New insights into the transcriptional regulation of abiotic stress tolerance in rice (Oryza sativa L.)". Trabalho apresentado em 8th PlantGEM, Plant Genomics European Meeting, 2009.
  41. Barros, P.M.; Saibo, N.J.M.; Oliveira, M.M.. "Functional analysis of two CBF transcription factors involved in low temperature signaling in almond". Trabalho apresentado em 8th PlantGEM, Plant Genomics European Meeting, Lisbon, Portugal, 2009.
  42. Cherian, Sam; Barros, Pedro M.; Costa, Milene; Oliveira, M.Margarida. "Molecular approaches to understand the environmental control of floral initiation and development in almond". Trabalho apresentado em 14th European Congress on Biotechnology, 2009.
  43. Barros, P.M.; Saibo, N.J.M.; Oliveira, M.M.. "Functional analysis of two almond CBF transcription factors during abiotic stress response and flower development". Trabalho apresentado em 34th FEBS Congress, Prague Czech Republic, 2009.
  44. Figueiredo, Duarte; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida; Saibo, Nelson. "Novel insights into the transcriptional regulation of OsDREB1B in rice". Trabalho apresentado em International Conference Plant Abiotic Stress Tolerance, 2009.
  45. Barros, P.M.; Saibo, N.J.M.; Martins, M.; Ma, R.-C.; Oliveira, M.M.. "The CBF and R genes as key elements to study the molecular response to abiotic and biotic stress in almond". Trabalho apresentado em Biotechfruit, International Symposium on Biotechnology of Fruit Species, Dresden, Germany, 2008.
  46. Figueiredo, Duarte; Emmerich, B; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida; Saibo, Nelson. "Identification and characterization of transcription factors regulating the expression of the OsDREB1A and OsDREB1B rice genes". Trabalho apresentado em 7th PlantGEM, Pant Genomics European Meeting, 2007.
  47. Lourenço, Tiago; Saibo, Nelson; Barros, Pedro M.; Serra, T.; Inglês, L.; Ricardo, CP; Oliveira, M.Margarida. "An integrative approach to study abiotic stress tolerance in rice (Oriza sativa L.).". Trabalho apresentado em IV International Rice Functional Genomics Symposium, 2006.
  48. Barros, P.M.; Martins, M.; Ma, R.-C.; Arús, P.; Oliveira, M.M.. "Cloning and linkage mapping of new NBS-LRR resistant gene candidates and identification of markers associated to susceptibility to Fusicoccum canker in almond (Prunus dulcis Mill.)". Trabalho apresentado em III International Rosaceae Genomics Conference, Napier, New Zealand, 2006.
Pré-impressão
  1. Beier, S; Gruden, K; Pommier, C; Dyer, S; Barros, Pedro M.; Sidibe-Bocs, S; Hassani-Pak, K; et al. "ELIXIR Plant Sciences Community Roadmap 2024-2029". 2025. https://doi.org/10.7490/f1000research.1120095.1.
    10.7490/f1000research.1120095.1
  2. Hugo M. Rodrigues; M. Beatriz Vieira; Pedro M. Barros; M. Margarida Oliveira. Autor correspondente: Pedro M. Barros. "Whole-genome polymorphisms and relatedness of rice varieties circulating in the Mediterranean market". 2025. https://doi.org/10.1101/2025.05.29.656782.
    10.1101/2025.05.29.656782
  3. Marques, Rita Maravilha; Fernandes, Telma; Barros, Pedro M.; Leitäo, Susana T.; Rubiales, Diego; Vaz Patto, Maria Carlota; Santos, Carmen. Autor correspondente: Santos, Carmen. "Comparative transcriptomics of <i>Lathyrus sativus</i> reveals accession-specific resistance responses against <i>Erysiphe pisi</i>". 2024. http://dx.doi.org/10.1101/2024.11.23.624375.
    10.1101/2024.11.23.624375
  4. Fernandes, Telma; Barros, Pedro M.; Flores-Tornero, Maria; Carvalho, Pedro; Sapeta, Helena; Becker, Jörg D; Abreu, Isabel A. Autor correspondente: Abreu, Isabel A. "OsbHLH089 and OsbHLH094 Modulate OsSLR1 Levels to Maintain Male Reproductive Fitness in Rice". 2024. http://dx.doi.org/10.1101/2024.11.24.624999.
    10.1101/2024.11.24.624999
  5. Barros, Pedro M.; Sapeta, Helena; Lucas, Diogo A.; Oliveira, M.Margarida. "Drought impact on phellem development: identification of novel gene regulators and evidence of photosynthetic activity". 2023. http://dx.doi.org/10.1101/2023.12.26.573371.
    10.1101/2023.12.26.573371
  6. Leal, Ana Rita; Barros, Pedro M.; Parizot, Boris; Sapeta, Helena; Vangheluwe, Nick; Andersen, Tonni Grube; Beeckman, Tom; Oliveira, M.Margarida. "Phellem translational landscape throughout secondary development in Arabidopsis roots". 2021. http://dx.doi.org/10.1101/2021.02.08.429142.
    10.1101/2021.02.08.429142
  7. Gonçalves, Nuno M.; Fernandes, Telma; Nunes, Cátia; Rosa, Margarida T. G.; Matiolli, Cleverson; Rodrigues, Mafalda A. A.; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida; Abreu, Isabel A.. "SUMOylation of rice DELLA SLR1 modulates transcriptional responses and improves yield under salt stress". 2020. http://dx.doi.org/10.1101/2020.03.10.986224.
    10.1101/2020.03.10.986224
Relatório
  1. Pommier, C; Beier, S; Barros, Pedro M.. Autor correspondente: Pommier, C. 2025. Report: Workshop on connecting Knowledge Graphs with BioChatter. https://doi.org/10.37044/osf.io/m7xr6_v1.
    10.37044/osf.io/m7xr6_v1
Tese / Dissertação
  1. Barros, P.M.. "Alternative splicing detection across different tissues in cork oak". Mestrado, Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, 2018. http://hdl.handle.net/10451/31981.
  2. Barros, P.M.. "Insights into the role of almond CBF transcription factors in the environmental control of cold acclimation and dormancy break". Doutoramento, Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, 2012. http://hdl.handle.net/10362/8584.

Outros

Conjunto de dados
  1. Tendeiro, Ana Mafalda; Antunes, Joana; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida. Characterization of polypropylene microplastics from agricultural mulch film. DMPortal-Plant BioDataVerse. 2025.
    doi:10.34636/DMPortal/POCMBO
  2. Tendeiro, Ana Mafalda; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida. Glasshouse conditions monitoring for Vaccinium corymbosum exposed to soil microplastics. DMPortal-Plant BioDataVerse. 2025.
    doi:10.34636/DMPortal/AWYIXC
  3. Tendeiro, Ana Mafalda; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida. Morphological characterization of Vaccinium corymbosum exposed to soil microplastics under controlled conditions. DMPortal- Plant BioDataVerse. 2025.
    doi:10.34636/DMPortal/NH5VET
  4. Tendeiro, Ana Mafalda; Barros, Pedro M.; Oliveira, M.Margarida. Physiological response of Vaccinium corymbosum exposed to soil microplastics under controlled conditions. DMPortal- Plant BioDataVerse. 2025.
    doi:10.34636/DMPortal/Q3YLV4
  5. Barros, Pedro M.; Sapeta, H.; Lucas, D.; Oliveira, M.Margarida. The impact of drought on phellem development: morpho-physiological adaptations and gene expression dynamics in cork oak stems. ArrayExpress. 2024.
  6. Barros, Pedro; Sapeta, Helena. Morpho-physiological changes imposed by water deficit in cork oak saplings. DMPortal. 2024.
    https://doi.org/10.34636/DMPortal/D8LBXX
  7. Sapeta, Helena; Leal, Ana; Barros, Pedro M.. Transcriptomic analysis of cork oak tap roots in response to osmotic, heat and combined (heat and osmotic) stress (2021). BioProject PRJNA690098. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA690098 2015. 2021.
  8. Sohn, K.; Sapeta, Helena; Lourenço, Tiago; Lorenz, S.; Grumaz, C.; Kirstahler, P.; Barros, Pedro M.; Costa, Joaquim; Oliveira, M.Margarida. Transcriptomic analysis of Jatropha curcas under moderate and severe drought stress with recovery (2015). GEO Accession GSE61109. 2015.
Outra produção
  1. E-PAN Workshop 2026 | Pan-genome QC: Practical Guidance and Standards for Quality Control. Overview of the main steps required for the generation of pan-genome data, with indication of common methodologies and standards for establishing robust quality control in genome assembly and pan-genome workflows. This presentation was included in the workshop organised by the E-PAN consortium, which showcased the outcomes of the E-PAN project and its contribution to advancing pan-genome analys. 2026. Barros, Pedro M.. https://doi.org/10.5281/zenodo.21047924.
    10.5281/zenodo.21047924
  2. CorkOakDB website. CorkOakDB aims to integrate the knowledge generated from fundamental and applied studies about Quercus suber, with a focus on genetics. CorkOakDB features the first draft genome of Quercus suber, released in 2018 by the GENOSUBER consortium, and allows genome browsing and gene search. It also incorporates other types of data from cork oak scientific research, including gene expression data.. 2019. Barias-Aldrich, C; Silva, Marta C.; Barros, P.M.; Faria, Daniel; Sobral, Daniel. http://corkoakdb.org/.
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2025/02/05 Deciphering gene regulatory networks governing cork oak productivity under drought conditions Plant Functional Biology 2025 - Omics strategies for unconventional models
Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos (Porto, Portugal)
2025/01/22 Desvendar a regulação genética do desenvolvimento da cortiça em resposta à seca Ás voltas com a ciência 2025: A Biologia molecular como resposta às Alterações Climáticas
Centro de Formação de Professores da Ordem dos Biólogos (Portugal)
2024/10/08 A DNA-based method to tackle rice varietal fraudulent claims V Encontro Internacional da Sociedade Portuguesa de Genética
i3S (Porto, Portugal)
2024/08/06 Unraveling gene regulatory networks governing cork development and drought response in cork oak IUFRO Tree Biotechnology 2024
International Union of Forest Research Organizations (Annapolis (MD), Estados Unidos)
2024/02/21 Molecular Tools To Study The Environmental Impact on Plant Development - rice and cork oak cases Genomics and Systems Biology XII
NYU Abu Dhabi (Abu Dhabi, Emiratos Árabes Unidos)
2023/07/12 Genetic networks regulating cork production: from theoretical prediction to functional validation (Invited Talk) Plant Biology 2023 | XVIII Portuguese-Spanish Congress of Plant Biology
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2023/07/09 OsPIF15 and OsPIF16 are key inducers of stokomorphogenesis in rice Plant Biology 2023 & XVIII Portuguese-Spanish Congress of Plant Biology
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2023/03/17 Identification of gene regulatory modules acting in the interaction between cork development and environmental variables XII Bioinformatics Open Days 2023
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2023/03/16 A comparative genomics approach to assess interspecific variability associated with cork development. XII Bioinformatics Open Days 2023
Universidade do Minho (Braga, Portugal)
2022/11/24 Impacto da seca na produção de cortiça: identificação de fatores genéticos e sua regulação Um Futuro Sustentável – cientistas do LS4FUTURE de mãos dadas pela saúde humana e ambiental
LS4Future (Oeiras, Portugal)
2022/09/13 The impact of drought on phellem development: assessing morpho-physiological adaptations and gene expression dynamics in cork oak stems 5th Plant Apoplastic Diffusion Barriers (PADiBa) International Symposium
University of Dundee / The James Hutton Institute (Dundee, Reino Unido)
2022/09/06 Functional genomics and plant stress: abiotic stress modulation of cork oak development & suberin deposition XVIII Brazilian Congress of Plant Physiology / I Ibero-latinamerican Congress of Plant Biology
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (Porto Alegre, Brasil)
2022/07/07 Heat and osmotic stress have contrasting effects on periderm and endodermis suberization of cork oak roots 20th IUFRO Tree Biotech and 2nd Forest Tree Molecular Biology and Biotechnology Conference
IUFRO (Harbin, China)
2022/01/27 Heat and Osmotic stress have contrasting effects on periderm suberization of cork oak roots XV Portuguese-Spanish Symposium On Plant Water Relations
Instituto Superior de Agronomia (Lisboa, Portugal)
2022/01/27 Impact of drought on cork development and suberization in Quercus suber XV Portuguese-Spanish Symposium On Plant Water Relations
Instituto Superior de Agronomia (Lisboa, Portugal)
2021/06/28 Conserved regulatory networks acting during phellem development in Arabidopsis and cork oak roots FESPB/EPSO Plant Biology Europe 2021, Torino, Italy
FESPB/EPSO (Torino, Itália)
2020/10/22 The BioDta.pt Plant Sciences Community Webinar series BioData.pt Talks (Webinar)
BioData.pt (Oeiras, Portugal)
2019/07/09 Decoding the role of environmental signals in cork development: a transcriptomic approach Encontro Ciência 2019
Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Lisboa, Portugal)
2019/06/24 Decoding the role of drought and heat stress in cork oak peridermis suberization (lightning talk) IUFRO Tree Biotechnology 2019
North Carolina State University (Raleigh, Estados Unidos)
2019/05/31 Estratégias de adaptação das plantas num clima em mudança Cortiça, alterações climáticas e soluções mitigadoras
Centro de Competências do Sobreiro e da Cortiça (Coruche, Portugal)
2014/06/24 An integrated approach to identify regulatory genes in the crosstalk between abiotic and biotic stress response in cork oak (Quercus suber). Plant Biology Europe FESPB/EPSO Congress,
FESPB/EPSO (Dublin, Irlanda)
2013/11/20 Novel regulators involved in rice response to abiotic stress 11th International Symposium on Rice Functional Genomics
(New Deli, Índia)
2013/07/24 SuberStress – An integrated approach to identify stress-related regulatory genes in cork oak. XIII Congresso Luso-Espanhol de Fisiologia Vegetal (FV2013)
Faculdade de Ciências Universidade de Lisboa (Lisboa, Portugal)
2011/06/01 Two cold-responsive CBF transcription factors are repressed in flower buds from early blooming almond trees during winter XXXVI Jornadas Portuguesas de Genética
Universidade de Coimbra (Coimbra, Portugal)
2011/05/04 New gene regulators of rice response to abiotic stress 9th PlantGEM Plant Genomics Meeting
(Istambul, Turquia)
2010/08/18 Biotechnogical approaches to study environmental regulation of fruit tree development – the almond model 28th International Horticultural Congress
(Lisboa, Portugal)
2008/10/22 Novel transcription factors regulating abiotic stress tolerance in rice XVI National Congress of Biochemistry
Universidade dos Açores (Ponta Delgada, Portugal)
2008/04/02 Identification of candidate genes involved in the response to biotic and abiotic stress in almond. XIV Meeting of the Mediterranean Research Group for Almond and Pistachio (GREMPA)
(Athens, Grécia)
2007/07/12 An integrative approach to study the role of transcription factors in abiotic stress tolerance in rice 1st Meeting of the Portuguese Plant Functional Genomics Platform
Universidade do Algarve (Faro, Portugal)

Orientação

Título / Tema
Papel desempenhado		 Curso (Tipo)
Instituição / Organização
2026/01/01 - Atual Harnessing New Genomic Technologies and Breeding Strategies to Enhance Fire Blight Resistance in Pear
Orientador de Cláudia Rodrigues Pereira
 Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
2026/01/01 - Atual Rice2EU – An Omics study of rice response to combined stresses: limited water and root-knot nematode
Coorientador
 Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, Portugal
2025/09/01 - Atual Building a Gene Regulatory Network to Model Biosynthesis of Vitamins B1 and B2 in Rice
Orientador de Manuel Paiva de Almeida
 Biologia Computacional e Bioinformática (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2025/09/01 - Atual Predictive Modeling and Tool Development for Synthetic Microbiome-Based Biotreatments
Coorientador
 Biologia Computacional e Bioinformática (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2025/01/01 - Atual FAIRice - Development of machine learning methods to optimize dry rice water usage and disease control using high-throughput phenotype screening
Orientador de Hugo Miguel Costa Rodrigues
 Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

InnovPlantProtect, Portugal
2021/10/01 - Atual Genome-wide characterization of plant resistance genes in cork oak (Quercus suber)
Orientador de Luis Miguel Gonçalves
 Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2021/01/02 - Atual Molecular regulation of cork development: the role of nutrients and microbiome
Orientador de Joana Belo
 Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2020/12/02 - Atual A comparative genomics approach to assess interspecific variability associated with cork development
Orientador de Filippo Bergeretti
 Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2024/09/01 - 2026/02/19 Cork oak gene interactions: a web tool for Visualization and Retrieval
Orientador de Miguel Coimbra José
 Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2022/07/01 - 2024/05/27 Unveiling genetic modules acting on the crosstalk between cork development and environmental factors
Orientador de Diogo José Nina Antunes
 Biologia Molecular e Genética (Mestrado)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2022/06 - 2023/07 Whole-genome analysis and identification of molecular markers for rice varietal discrimination
Orientador de Maria Beatriz Teixeira Vieira
 Scientific Research Training A - Post-graduation programme (Curso de aperfeiçoamento / especialização)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal

BioResources 4 Sustainability, Portugal
2021/09/01 - 2023/04/17 Identification of gene regulation modules that act in the interaction between cork development and environmental variables
Orientador de Hugo Miguel Costa Rodrigues
Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2020/10/01 - 2022/02/01 Histochemical and molecular perspectives on the impact of drought on cork development and suberization in Quercus suber
Orientador de Diogo Lucas
 Biotecnologia para a Sustentabilidade (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2018/10/01 - 2019/12/05 Osmotic and combined heat and osmotic stresses have distinct effects on suberization of Quercus suber roots
Orientador de Joana Belo
 Biotecnologia para a Sustentabilidade (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2015 - 2017 Identification of transcription factors regulating cork oak (Quercus suber) QsUNK1 gene during abiotic and biotic stress response
Orientador de Natacha Vieira
 Engenharia Agronómica - Ramo Protecção de Plantas (Mestrado)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
2010/09/01 - 2011/11/11 Análise funcional de dois CBFs de Prunus dulcis por expressão heteróloga em A. thaliana e expressão sazonal em plantas de campo
Coorientador de Nuno Gonçalves
 Biologia Molecular e Genética (Mestrado)
Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)		 Instituição / Organização
2026/05/18 - 2026/05/18 E-PAN Workshop 2026 | Enhancing Pan-Genome Analysis in Plants The online workshop E-PAN: Enhancing Pan-Genome Analysis in Plants (May 18th 2026) presented the outcomes of the E-PAN initiative, funded by ELIXIR Commissioned Services: Science tier Biodiversity, food security and pathogens. (2026/05/18 - 2026/05/18)
Oficina (workshop) (Coorganizador)
 ELIXIR, Reino Unido
2023/01 - 2023/12 13th ITQB NOVA PhD Students' Meeting (2023/10/18 - 2023/10/20)
Congresso (Membro da Comissão Científica)
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2023/01/02 - 2023/10/06 Resources for Plant Sciences - online seminar, ELIXIR Europe, Plant Sciences Community, 5-6 October 2023. Coordinator and host of the Session "Plant Orthology bundle". https://elixir.mf.uni-lj.si/course/view.php?id=107 (2023/10/05 - 2033/10/06)
Oficina (workshop) (Coorganizador)
 ELIXIR, Reino Unido
2022/01/05 - 2022/07/22 ITQB NOVA Summer Science, is a Summer School directed to undergraduate students, and provides the opportunity to experience science at ITQB during one week, including participation in laboratory work, round tables and workshops. (2022/07/18 - 2032/07/22)
Encontro (Presidente da Comissão Organizadora)
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2021/07/19 - 2021/07/30 ITQB NOVA Summer Science, is a Summer School directed to undergraduate students, and provides the opportunity to experience science at ITQB during one week, including participation in laboratory work, round tables and workshops. (2021/07/19 - 2021/07/30)
Encontro (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2017/01/24 - 2017/07/28 ITQB NOVA Summer Science, is a Summer School directed to undergraduate students, and provides the opportunity to experience science at ITQB during one week, including participation in laboratory work, round tables and workshops. (2017/07/24 - 2017/07/28)
Encontro (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2015/05/02 - 2015/10/10 ITQB NOVA Open Day. Development and organization of science outreach activities for children and adults. I was in charge of the organization of the photography competition, under the theme “The illuminated life”. (2015/10/10 - 2015/10/10)
Outro (Membro da Comissão Organizadora)
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento		 Nome do evento
Instituição / Organização
2025/02/26 - 2025/02/28 Hybrid Workshop on Data Standards and Plant Phenotyping, focusing on best practices for managing plant phenotypic data and provide hands-on experience in implementing data standards for plant research.
Oficina (workshop)
 Hybrid Workshop on Data Standards and Plant Phenotyping
Helsingin yliopisto, Finlândia
2024/10/15 - 2024/10/16 Practical Workshop in NGS using Oxford Nanopore Technologies (Lectures and Hands-on activities - 16 hrs)
Oficina (workshop)
 Practical Workshop in NGS using Oxford Nanopore Technologies
VWR International Srl, Itália

Avantor Inc, Estados Unidos
2021/09/24 - 2021/09/24 European Researchers Night. Planned an outreach activity highlighting the role of cork oak forests in mitigating the effects of climate change.
Exposição
 European Researchers Night 2021
Ciência Viva, Portugal

Júri de grau académico

Tema
Tipo de participação		 Nome do candidato (Tipo de grau)
Instituição / Organização
2026/02/26 Plasticidade de cajueiros à baixa disponibilidade hídrica no solo: mecanismos fisiológicos, metabólicos e epigenéticos
Arguente
 Igor Rafael Sousa Costa (Doutoramento)
Universidade Federal do Ceará, Brasil
2025/11/04 The Epigenetic Signatures Regulating Annual Cycles Of Bud Dormancy And Growth Restart in Castanea sativa Mill.
Arguente principal
 Sofia Graça Barbosa Alves (Doutoramento)
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal
2025/04/28 Contribution of Alternative Splicing to the ABA Response: Insights from Natural Variants
Arguente
 Alba Rodriguez Díez (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2025/02/10 Dissecting molecular pathways involved in periderm function and differentiation
Arguente
 Susana Fernandes Torres Lopes (Doutoramento)
Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2024/12/13 Unraveling plant specialised metabolismo leveraging retrobiosynthesis tools and Genome-Scale Metabolic Models
Arguente principal
 Luciana Costa Martins (Mestrado)
Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal

Universidade do Minho, Portugal
2024/02/28 In vitro effects of titanium dioxide nanoparticles on genome-wide methylation
Arguente principal
 Ana Catarina da Silva Valente (Mestrado)
Universidade de Lisboa Faculdade de Ciências, Portugal
2023/11/14 Study of flower induction and fructification mechanisms in Castanea sativa Mill
Arguente principal
 Ana Teresa Talhinhas Barata Alhinho (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2023/07/13 Análise de dados de RNA-seq para estudo de biofilmes bacterianos
Arguente principal
 Gonçalo Filipe Martins Alves (Outro)
Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
2022/01/19 Assessment and implementation of novel annotation platforms for the reconstruction of Genome-Scale Metabolic Models in merlin
Arguente principal
 Ana Catarina Costa Barbosa (Mestrado)
Universidade do Minho, Portugal
2019/12/12 Characterization of flower induction and fertilization of Quercus suber
Arguente principal
 Helena Sofia Gomes da Silva (Doutoramento)
Universidade do Minho, Portugal
2017/05/29 Molecular analysis of microRNA-target gene interactions in the pine seed
Arguente principal
 Sónia Cristina Heleno Correia (Mestrado)
Universidade Nova de Lisboa Faculdade de Ciências e Tecnologia, Portugal

Arbitragem científica em revista

Nome da revista (ISSN) Editora
2022/05 - Atual Frontiers in Plant Science (1664-462X) Frontiers
2022 - Atual Biologia (1336-9563) Springer
2022 - Atual Tree Physiology (1758-4469) Oxford University Press
2022 - Atual Trees (0931-1890) Springer
2021 - Atual PLoS ONE (1932-6203) PLOS
2020 - Atual Forests (1999-4907) MDPI
2020 - Atual Genes (2073-4425) MDPI
2020 - Atual Plants (2223-7747) MDPI
2020 - Atual Scientific Reports (2045-2322)
2019/08 - Atual Nucleic Acids Research (1362-4962) Oxford University Press
2018/12 - Atual Molecules (1420-3049) MDPI AG
2017/12 - Atual Plant Cell Tissue and Organ Culture (PCTOC) (1573-5044) Springer-Verlag
2017/09 - Atual Journal of Experimental Botany (1460-2431) Oxford University Press
2016/12 - Atual Plant Science (0168-9452) Elsevier
2015/07 - Atual BMC Plant Biology (1471-2229) Springer (Biomed Central Ltd.)
2014/04 - Atual Plant Cell Reports (1432-203X) Springer-Verlag
2014/03 - Atual International Journal of Molecular Sciences (1422-0067) MDPI AG

Comissão de avaliação

Descrição da atividade
Tipo de assessoria		 Instituição / Organização Entidade financiadora
2022/01 - 2022/03 Evaluator in SONATA-17 program: Proposals for funding of a research project carried out by a person who has been awarded a doctorate within 2-7 years
Avaliador
 Narodowe Centrum Nauki, Polónia Narodowe Centrum Nauki

Curso / Disciplina lecionado

Disciplina Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023/10/01 - 2024/03/31 Genómica Estrutural e Evolutiva Bioinformática (Licenciatura) Instituto Politécnico de Setúbal, Portugal

Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
2023/05/25 - 2023/05/25 Engineering Secondary Growth Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2023/05/24 - 2023/05/24 Genomic approaches to study the Portuguese emblematic tree - Cork oak Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2023/04/18 - 2023/04/18 Introduction to Phylogenetic analysis Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Curso de doutoramento (conclusão de unidades curriculares)) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2022/10/06 - 2023/03/30 Genómica Estrutural e Evolutiva Bioinformática (Licenciatura) Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
2022/09/05 - 2022/09/07 Workshop - Introduction to R (Outros) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2021/11/02 - 2022/04/30 Genómica Estrutural e Evolutiva Bioinformática (Licenciatura) Instituto Politécnico de Setúbal, Portugal

Instituto Politécnico de Setúbal Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Portugal
2021/06/14 - 2021/06/17 Workshop - Introduction to R Postdoc Programme 3rd Edition (Outros) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2021/04/22 - 2021/04/22 Introduction to Phylogenetic analysis Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2021/04/15 - 2021/04/15 Engineering secondary growth Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2021/04/14 - 2021/04/14 Genomic approaches to study the Portuguese emblematic tree - Cork oak Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2021/02/01 - 2021/02/12 Genome scale technologies, Biostatistics and Bioinformatics Biotecnologia para a Sustentabilidade (Mestrado integrado) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2019/10/14 - 2019/10/14 Workshop Biostatistics using R Postdoc Programme 2nd Edition (Outros) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2019/05/23 - 2019/05/23 Engineering secondary growth Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2019/05/22 - 2019/05/22 Genomic approaches to study the Portuguese emblematic tree - Cork oak Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal
2019/03/28 - 2019/03/28 Workshop - Data handling and basic statistical analysis (Outros) BioResources 4 Sustainability, Portugal
2019/01/31 - 2019/02/07 Workshop - Introduction to R (Outros) BioResources 4 Sustainability, Portugal
2018/04/11 - 2018/04/11 Genomic approaches to study the Portuguese emblematic tree - Cork oak Biologia de Plantas - Plantas para a Vida (Doutoramento) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Entrevista (jornal / revista)

Descrição da atividade Jornal / Forum
2018/05/23 Commentary to the public release of the first draft genome sequence of cork oak. Público
2013/12 "Secrets of overwintering plants", article written by Jared Bernard. The results of my PhD research on this topic were highlighted. The Gardener Magazine

Entrevista / Programa (rádio / tv)

Programa Tema
2025/02/27 - 2025/02/27 90 Segundos de Ciência Investigação estuda os efeitos da seca no desenvolvimento de sobreiros jovens

Membro de associação

Nome da associação Tipo de participação
2021/10/01 - 2023/02/01 ITQB NOVA & iBET Post-Doctoral Association Secretary
2016/11 - 2017/11 ITQB NOVA & iBET Post-Doctoral Association Secretary
2015/11 - 2016/11 ITQB & iBET Post-Doctoral Association. The ITQB NOVA Post-Doc Association aims to represent and support the specific interests of the Post-doctoral fellows working at ITQB NOVA and iBET, promote their sense of community, organize professional enrichment and career development activities, as well as networking events. This was a pos-doc initiative implemented in 2015. Vice-chair

Membro de comissão

Descrição da atividade
Tipo de participação		 Instituição / Organização
2023/09 - Atual PhD Thesis Committee - Diogo Lucas: PhD Plants For Life; Thesis title: The role of splicing factors during sexual plant reproduction in Arabidopsis thaliana
Consultor
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2019/09 - Atual PhD Thesis Committee - Ângela Pinheiro: Ref. SFRH/BD/144593/2019; Thesis title: Dissecting potential roles of Resin diterpene derivatives formed by fungi colonising Pinus pinaster as chemical upholders against phytopathogens
Consultor
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2019/05 - Atual PhD Thesis Committee - Bárbara Rebelo: PhD Plants For Life; Thesis title: Challenges in metabolic responses and carotenoid biosynthesis in algae and angiosperms: searching for an alternative production system.
Consultor
 Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Portugal
2019/01/01 - Atual Coordinator of the Bioinformatics and Biostatistics platform of Green-it BioResources for Sustainability research Unit. The Goal of this platform is to bring together in-house experience and contribute for training of Green-it researchers on bioinformatics tools and biostatistics (in-house workshops and invited trainers)
Coordenador
 BioResources 4 Sustainability, Portugal

Tutoria

Tópico Nome do aluno
2024/09/01 - 2025/02/28 EM-Seq reveals DNA methylation dynamics during watrer deficit and recovery in cashew seedlings Igor Rafael Sousa Costa
2019/01 - 2021/05/31 Tutor in the work developed for Biodata.pt Marta C. Silva
2020/02 - 2020/11/30 Tutor in the work developed for Biodata.pt Filippo Bergeretti
2016/06/01 - 2019/05/31 Mentor in laboratory work. Ana Rita Leal
2018/05/02 - 2018/10/26 Mentor in laboratory work. Marcelo Amaral
Distinções

Prémio

2019 Papers@USA - Travel grant
Fundação Luso-Americana, Portugal
2013 Short Term Scientific Mission (STSM, COST action FP1202)
European Cooperation in Science and Technology, Bélgica