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Aluno de doutoramento e investigador na Universidade do Minho (UMinho), noemadamente no Centro de Engenharia Biológica (CEB). O ramo de especialização consiste na área das Ciências da Computação e da Informação com ênfase na Bioinformática e Biologia de Sistemas.
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Fernando João Pereira Cruz

Nomes de citação

  • Cruz, Fernando

Identificadores de autor

Ciência ID
3514-F068-6B2D
ORCID iD
0000-0003-2468-7364

Endereços de correio eletrónico

  • fernandocruz184@gmail.com (Profissional)

Moradas

  • Rua das Azedas, 121, 4905-644, Vila de Punhe, Viana do Castelo, Portugal (Pessoal)

Websites

  • https://cruz-f.github.io/ (Pessoal)

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2018/10/01 - 2022/10/01
Em curso
 Programa Doutoral em Engenharia Biomédica (Doutoramento)
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
"Blueprint: Documenting the Complexity of Metabolic Regulation by Reconstruction of Integrated Metabolic-Regulatory Models" (TESE/DISSERTAÇÃO)
2017
Concluído
 Bioinformática (Mestrado)
Especialização em Área de especialização: Tecnologias da Informação
Universidade do Minho, Portugal
"reconstrução da rede metalica à escala genómica de streptococus thermophilus " (TESE/DISSERTAÇÃO)
 17 valores
2012/09/15 - 2015/07/15
Concluído
 Biologia Aplicada (Licenciatura)
Universidade do Minho, Portugal
 16
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2018/10/01 - 2022/10/31 Investigador (Investigação) Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2018/02/01 - 2018/09/30 Assistente de Investigação (carreira) (Investigação) Universidade Nova de Lisboa Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Portugal

Docência no Ensino Superior

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2022/10/03 - 2023/03/19 Assistente Convidado (Docente Universitário) Universidade do Minho Departamento de Informática, Portugal
Universidade do Minho Departamento de Informática, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2018/10/01 - 2022/10/01 Blueprint: Documenting the Complexity of Metabolic Regulation by Reconstruction of Integrated Metabolic-Regulatory Models
SFRH/BD/139198/2018
Bolseiro de Doutoramento
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Em curso
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. "Reconciliation of Regulatory Data: The Regulatory Networks of Escherichia coli and Bacillus subtilis". 2021.
    10.1007/978-3-030-54568-0_16
Artigo em revista
  1. João Capela; Davide Lagoa; Ruben Rodrigues; Emanuel Cunha; Fernando Cruz; Ana Barbosa; José Bastos; et al. "merlin, an improved framework for the reconstruction of high-quality genome-scale metabolic models". Nucleic Acids Research (2022): https://doi.org/10.1093/nar/gkac459.
    10.1093/nar/gkac459
  2. Cruz, Fernando. "MEWpy: A Computational Strain Optimization Workbench in Python.". Bioinformatics (Oxford, England) (2021): https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab013.
    10.1093/bioinformatics/btab013
  3. "merlin v4.0: an updated platform for the reconstruction of high-quality genome-scale metabolic models". bioRxiv (2021): https://www.biorxiv.org/content/early/2021/02/25/2021.02.24.432752.
    10.1101/2021.02.24.432752
  4. Fernando Cruz; José P. Faria; Miguel Rocha; Isabel Rocha; Oscar Dias. "A review of methods for the reconstruction and analysis of integrated genome-scale models of metabolism and regulation". Biochemical Society Transactions (2020): https://doi.org/10.1042/BST20190840.
    10.1042/BST20190840
  5. Cruz, Fernando. "SamPler – a novel method for selecting parameters for gene functional annotation routines". BMC Bioinformatics (2019): http://dx.doi.org/10.1186/s12859-019-3038-4.
    10.1186/s12859-019-3038-4
  6. Cruz, Fernando. "A LysM Domain Intervenes in Sequential Protein-Protein and Protein-Peptidoglycan Interactions Important for Spore Coat Assembly in Bacillus subtilis". Journal of Bacteriology (2018): http://dx.doi.org/10.1128/jb.00642-18.
    10.1128/jb.00642-18
Capítulo de livro
  1. "Towards a Multivariate Analysis of Genome-Scale Metabolic Models Derived from the BiGG Models Database". 136-144. Springer International Publishing, 2022.
    10.1007/978-3-030-86258-9_14
  2. Cruz, Fernando. "Towards the Reconstruction of Integrated Genome-Scale Models of Metabolism and Gene Expression". 2020.
    10.1007/978-3-030-23873-5_21

Outros

Outra produção
  1. BioISO: an objective-oriented application for assisting the curation of genome-scale metabolic models. 2021. Fernando Cruz; João Capela; Eugénio C. Ferreira; Miguel Rocha; Oscar Dias. https://doi.org/10.1101/2021.03.07.434259.
    10.1101/2021.03.07.434259
Atividades

Apresentação oral de trabalho

Título da apresentação Nome do evento
Anfitrião (Local do evento)
2019/06/26 Towards the Reconstruction of Integrated Genome-Scale Models of Metabolism and Gene Expression Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 13th International Conference
(Ávila, Espanha)
Distinções

Prémio

2020 Bolsa de Estudo por Mérito Escolar
Universidade do Minho, Portugal