???global.info.a_carregar???
I am a bioinformatician but as I used to say, “above all I am a biologist”!! I have a BSc in Biology and a MSc in Molecular and Cellular Biology, both awarded by the University of Aveiro. Nevertheless, my urgent need to know more about the emerging field - at the time - Bioinformatics it took me to the University of Minho where I completed a MSc in Bioinformatics. My professional path started in Spain where I entered in my first fellowship at the end of my stay at the University of Vigo – Campus of Ourense. After that I started working as a freelancer for a company of Switzerland where I developed my programming skills. I got in later into an internship in Oporto at a diagnose facility of rare diseases (CGPP). Still, in Oporto I joined into my second fellowship, in the field of population genetics applied to virus and cancer, at Ipatimup - i3S. I am currently in another fellowship connected to a project called Metafluidics, in Cantanhede at a facility of NGS – Genoinseq, that makes part of CNC of University of Coimbra. So far, I have published 4 scientific articles in peer-reviewed journals (2 as first author) in the areas of, microbiology network mining, 2 in population genetics of virus and one in taxonomy classification of a new bacterial species (Tepidimonas xarontis).
Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Nadine Castelhano Santos

Nomes de citação

  • Castelhano, N.
  • Santos, N.

Identificadores de autor

Ciência ID
321D-844E-D1E1
ORCID iD
0000-0002-6181-6471

Websites

  • https://www.researchgate.net/profile/Nadine_Castelhano (Académico)

Domínios de atuação

  • Ciências Exatas - Ciências da Computação e da Informação - Bioinformática
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Inglês Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1)
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Formação
Grau Classificação
2011/09/15 - 2013/12/16
Concluído
Mestrado em Bioinformática (Mestrado)
Universidade do Minho Escola de Engenharia, Portugal
"Mining quorum sensing in the opportunistic pathogens P. aeruginosa and C. albicans" (TESE/DISSERTAÇÃO)
16
2013/02/01 - 2013/09/30
Concluído
LPP/ERASMUS grant (Master)
Universidade de Vigo - Campus Ourense, Espanha
16
2009/09/15 - 2011/07/06
Concluído
Mestrado em Biologia Aplicada (Mestrado)
Universidade de Aveiro, Portugal
"SARP 2 as a molecular marker of human sperm morphology" (TESE/DISSERTAÇÃO)
17
2004/09/15 - 2009/06/23
Concluído
Licenciatura em Biologia (1º Ciclo) (Licenciatura)
Universidade de Aveiro, Portugal
"Flora do distrito de Aveiro: Adianthaceae - Urticaceae" (TESE/DISSERTAÇÃO)
15
Percurso profissional

Outros

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento
Empregador
2019/03/25 - 2020/05/31 Research contract - H2020-LEIT-BIO-2015-1, nu. 685474 - Metafluidics- Advanced toolbox for rapid and cost-effective functional metagenomic screening - microbiology meets microfluidics. Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
2016/07/01 - 2017/07/01 Research contract - NORTE-01-0145-FEDER-000029 - "Mapping genetic and phenotypic heterogeneity in HER2 positive cancers to anticipate and counteract resistance phenotypes." Supervisor: Miguel Arenas Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
2014/05/01 - 2016/06/01 Bioinformatician - freelancer Biomarker discovery on several types of cancer, such as breast and prostate cancer, using R as programming language, data mining techniques and exploratory data analysis SimplicityBio SA, Suiça
2015/07/01 - 2016/05/31 Bioinformatician-trainee (IEFP) Project(s):Development of a web applications:RDG creator, using perl, cgi, xml and HTML, web api of Ensembl (genomic sequences, and variants) CGPP (Centro de Genética Preditiva e Preventiva)–IBMC I3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
2015/01/01 - 2015/03/31 Bioinformatician - Trainee (Volunteer) Project(s): Variant calling study on tomato. Working on in-house pipeline written in python integrated with GATK toolkit and bash language Sequentia Biotech, Espanha
2013/10/01 - 2013/12/31 Research contract - INOU13-07 Title: Framework para a análise de datos microbiolóxicos de patóxenos con gran incidencia hospitalaria Funding agency: Universidad de Vigo Universidade de Vigo - Campus Ourense, Espanha
2011/03/31 - 2011/07/06 CBC Researcher on project: SARP 2 as a molecular marker of human sperm morphology Universidade de Aveiro, Portugal
2008/09/15 - 2009/05/15 Traineeship: food and water microbiology, animal microbiology (helping to prepare vaccines after pathogen isolation) Controlvet, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2019 - 2020/05/31 Metafluidics- Advanced toolbox for rapid and cost-effective functional metagenomic screening - microbiology meets microfluidics
H2020-LEIT-BIO-2015-1, nu. 685474
Bolseiro de Investigação
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular, Portugal
Horizon 2020
2016 - 2017/07 Mapping genetic and phenotypic heterogeneity in HER2 positive cancers to anticipate and counteract resistance phenotypes
NORTE-01-0145-FEDER-000029
Bolseiro de Investigação
Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
NORTE2020: Portuguese Government & EU (Porto, Portugal)
2013 - 2013/12 INOU13-07 - Framework para a análise de datos microbiolóxicos de patóxenos con gran incidencia hospitalaria
INOU13-07
Bolseiro de Investigação
Universidade de Vigo - Campus Ourense, Espanha
N/A
Produções

Publicações

Artigo em revista
  1. Luciana Albuquerque; Castelhano, Nadine (321D-844E-D1E1); Pedro Raposo; Hugo J. C. Froufe; Igor Tiago; Rita Severino; Inês Roxo; et al. "Comparative genome sequence analysis of several species in the genus Tepidimonas and the description of a novel species Tepidimonas charontis sp. nov.". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70 3 (2020): 1596-1604. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.003942.
    10.1099/ijsem.0.003942
  2. Castelhano, Nadine (321D-844E-D1E1); Natalia M Araujo; Miguel Arenas. "Heterogeneous recombination among Hepatitis B virus genotypes.". Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases (2017): http://europepmc.org/abstract/med/28827173.
    10.1016/j.meegid.2017.08.015
  3. Miguel Arenas; Natalia M Araujo; Catarina Branco; Castelhano, Nadine (321D-844E-D1E1); Eduardo Castro-Nallar; Perez-Losada, Marcos. "Mutation and recombination in pathogen evolution: Relevance, methods and controversies.". Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases (2017): http://europepmc.org/abstract/med/28951202.
    10.1016/j.meegid.2017.09.029
  4. Castelhano Santos N; Pereira MO; Lourenço A. "Pathogenicity phenomena in three model systems: from network mining to emerging system-level properties.". Briefings in Bioinformatics (2015): http://europepmc.org/abstract/med/24106130.
    10.1093/bib/bbt071
Poster em conferência
  1. Castelhano, Nadine (321D-844E-D1E1); Conceição Egas; Hugo Froufe; Luciana Albuquerque; Milton Costa. "P41: Lignocellulose degradation in wood and urban-waste composts analysed by functional metagenomics". Trabalho apresentado em Microbiotec 2019 - Congress of Microbiology and Biotechnology, 2019.
  2. Gabriela Simões; Castelhano, N.; Hugo Froufe; Cristina Barroso; Luciana Albuquerque; Milton S. da Costa; Conceiçao Egas. "P44: Microorganisms from sun-exposed stone wall microorganisms as a new source for the production of compatible solutes". Trabalho apresentado em Microbiotec 2019 - Congress of Microbiology and Biotechnology, 2019.
  3. Gabriela Simões; Castelhano, N.; Hugo Froufe; Cristina Barroso; Luciana Albuquerque; Milton S. da Costa; Conceiçao Egas. "P46: Analysis of the functional metagenome of two Portuguese hot springs identify the potential for compatible solutes synthesis". Trabalho apresentado em Microbiotec 2019 - Congress of Microbiology and Biotechnology, 2019.
Tese / Dissertação
  1. Castelhano, N.. "Mining quorum sensing in the opportunistic pathogens P. aeruginosa and C. albicans". Mestrado, Universidade do Minho Departamento de Engenharia Biológica, 2013. https://pdfs.semanticscholar.org/85f1/30efd91a160871c63c00986b317fbb43040c.pdf.
  2. Castelhano, N.. "SARP 2 as a molecular marker of human sperm morphology". Mestrado, Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, 2011. https://ria.ua.pt/bitstream/10773/5800/1/completo.pdf.
Atividades

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação)
Instituição / Organização
2012/03/14 - 2012/03/15 2nd Edition of Bioinformatics Open Days (2012/03/14 - 2012/03/15) Universidade do Minho, Portugal

Participação em evento

Descrição da atividade
Tipo de evento
Nome do evento
Instituição / Organização
2020/03/07 - 2020/03/08 Gut Microbiota for Health - World Summit 2020
Congresso
2019/12/05 - 2019/12/07 Microbiotec 2019 - Congress of Microbiology and Biotechnology
Congresso
Universidade de Coimbra, Portugal
2017/07/04 - 2017/07/04 IV Annual BiotechHealth Symposium
Conferência
Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
2017/05/29 - 2017/06/17 VII Workshop of Cancer Research: Biological and molecular basis
Oficina (workshop)
Universidade do Porto Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Portugal
2014/10/06 - 2014/10/09 Transcriptome Assembly, Automatic Annotation and Data Mining Subjects: RNA-seq and functional annotation practical workshop on Blast2GO Duration: 4 days
Oficina (workshop)
Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal
2014/02/25 - 2014/02/26 Analysis of Biological data with R Duration: 15 hours
Oficina (workshop)
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2013/11/15 - 2013/11/17 Biofilm transcriptomics - Quantifying gene expression from pathogenic bacterial biofilms (7th edition)
Oficina (workshop)
Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica, Portugal
2007/02 - 2007/03 Scientifc illustration course with Pedro Salgado
Oficina (workshop)
Universidade de Aveiro Departamento de Biologia, Portugal
Distinções

Prémio

2013 LPP/ERASMUS grant