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Joaquim Santos studied Biology at the University of Coimbra, where he graduated in 2003. With a background in Ecology, his interest are Biological Collections and Biodiversity Data. He has participated on several projects on this topic, namely the Digitization of the Herbarium of the University of Coimbra, Digitization of the Botany Library and Archive, creation of several digital platforms such as the eHALOPH platform - halophytes database. In 2018, he completed his Master's in Ecology with the dissertation "Accelerating Digitization of Biological Collections for Fast Ecological Information Retrieval", which included the creation of EXPLORATOR, a crowdsourcing platform for the digitisation of biological collections. He has participated in Portuguese and International initiatives regarding Biodiversity Data and Digitisation.
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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo
Joaquim Santos
Data de nascimento
1978/01/11
Género
Masculino

Nomes de citação

  • Santos, Joaquim

Identificadores de autor

Ciência ID
0D1D-7A7A-A97C
ORCID iD
0000-0002-2160-4968

Domínios de atuação

  • Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Ecologia

Idiomas

Idioma Conversação Leitura Escrita Compreensão Peer-review
Português Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1) Utilizador proficiente (C1)
Inglês Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1)
Francês Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1) Utilizador elementar (A1)
Espanhol; Castelhano Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1) Utilizador independente (B1)
Formação
Grau Classificação
2006
Concluído
 Ecologia (Mestrado integrado)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
 Em fase de conclusao
2003
Concluído
 Biologia (Licenciatura)
Universidade de Coimbra Faculdade de Ciencias e Tecnologia, Portugal
 15
Percurso profissional

Ciência

Categoria Profissional
Instituição de acolhimento 		Empregador
2018/11/27 - Atual Gestão de Ciência e Tecnologia Centro de Ecologia Funcional, Portugal
Projetos

Bolsa

Designação Financiadores
2013/07 - 2015/11 INVAsive plant species management in Portugal: from early DEtection to Remote sensing and Biocontrol of Acacia longifolia - INVADER-B
Provided by PTCRIS: 131547
 Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.

Projeto

Designação Financiadores
2019/01/01 - 2019/12/31 Centre for Functional Ecology
UID/BIA/04004/2019
Universidade de Coimbra Centre for Functional Ecology - Science for People & the Planet, Portugal

Universidade de Coimbra, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2013/07/01 - 2015/11/30 Gestão de plantas INVasoras em Portugal: da prevenção à DEtecção Remota e controlo biológico de Acacia longifolia - INVADER-B
PTDC/AAG-REC/4607/2012
Instituto Politécnico de Coimbra, Portugal

Universidade de Coimbra Centre for Functional Ecology - Science for People & the Planet, Portugal

Universidade de Coimbra, Portugal

Instituto Politécnico de Coimbra Centro de Estudos de Recursos Naturais Ambiente e Sociedade, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
2011/01/01 - 2013/12/31 Projecto Estratégico - UI 239 - 2011-2012
PEst-OE/AGR/UI0239/2011
PEst-OE/BIA/UI4004/2011
Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal

Universidade de Coimbra Centre for Functional Ecology - Science for People & the Planet, Portugal

Universidade de Coimbra, Portugal

Universidade de Lisboa Centro de Estudos Florestais, Portugal
Fundação para a Ciência e a Tecnologia
Concluído
Produções

Publicações

Artigo em conferência
  1. Tavares, Ana Cristina; Silva, Susana; Santos, Joaquim; Paiva, Isabel; Oliveira, João; Figueiredo, Albano; Bettencourt, Teresa. "Inquire: why teaching about the conservation of biodiversity and climate change?". Trabalho apresentado em Sixth Eurogard - European Botanic Gardens Congress, Chios, 2012.
    Publicado
Artigo em revista
  1. Groom, Quentin; Dillen, Mathias; Addink, Wouter; Ariño, Arturo H.; Bölling, Christian; Bonnet, Pierre; Cecchi, Lorenzo; et al. "Envisaging a global infrastructure to exploit the potential of digitised collections". Biodiversity Data Journal 11 (2023): https://bdj.pensoft.net/article/109439/.
    Publicado • 10.3897/bdj.11.e109439
  2. Quentin J. Groom; Christian Bräuchler; Robert Cubey; Mathias Dillen; Pieter Huybrechts; Nicole Kearney; Niels Klazenga; et al. "The disambiguation of people names in biological collections". Biodiversity Data Journal 10 (2022): http://dx.doi.org/10.3897/bdj.10.e86089.
    10.3897/bdj.10.e86089
  3. Quentin Groom; Christian Bräuchler; Robert Cubey; Mathias Dillen; Pieter Huybrechts; Nicole Kearney; Siobhan Leachman; et al. "Collections do not have to Remain Ambiguous Forever: Seven steps to getting the correct people into your data". Biodiversity Information Science and Standards (2022): https://doi.org/10.3897/biss.6.91194.
    10.3897/biss.6.91194
  4. Mathias Dillen; Elspeth Haston; Nicole Kearney; Deborah L Paul; Joaquim Santos; David Shorthouse; Alison Vaughan; Sabine von Mering; Quentin Groom. "Is Your Collection Ambiguous?". Biodiversity Information Science and Standards (2021): https://doi.org/10.3897/biss.5.73702.
    10.3897/biss.5.73702
  5. Santos, Joaquim; Covelo, Filipe; Cidália Fidalgo; Machado, Maria. "Coleções biológicas". Revista de Ciência Elementar 9 1 (2021): http://dx.doi.org/10.24927/rce2021.008.
    10.24927/rce2021.008
  6. Joaquim Santos; Paulo Rupino da Cunha; Fátima Sales. "A strategy to digitise natural history collections with limited resources". Biodiversity Data Journal (2020): https://doi.org/10.3897/BDJ.8.e55959.
    10.3897/BDJ.8.e55959
  7. Marcer, A.; Haston, E.; Groom, Q.; Ariño, A.H.; Chapman, A.D.; Bakken, T.; Braun, P.; et al. "Quality issues in georeferencing: From physical collections to digital data repositories for ecological research". Diversity and Distributions (2020): http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85097029185&partnerID=MN8TOARS.
    10.1111/ddi.13208
  8. Kattge, Jens; Boenisch, Gerhard; Diaz, Sandra; Lavorel, Sandra; Prentice, Iain Colin; Leadley, Paul; Tautenhahn, Susanne; et al. "TRY plant trait database - enhanced coverage and open access". Global Change Biology 26 1 (2020): 119-188. https://publons.com/publon/28559850/.
    10.1111/GCB.14904
  9. Santos, Joaquim; Fátima Sales; Paulo Rupino da Cunha. "Accelerating Digitisation of Biological Collections: the Coimbra Herbarium case study". Biodiversity Information Science and Standards 3 (2019): https://doi.org/10.3897/biss.3.37760.
    10.3897/biss.3.37760
  10. Santos, J.; Al-Azzawi, M.; Aronson, J.; Flowers, T.J.. "EHALOPH a database of salt-tolerant plants: Helping put halophytes to work". Plant and Cell Physiology 57 1 (2016): http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000373118900010&KeyUID=WOS:000373118900010.
    10.1093/pcp/pcv155
  11. Mendes, S.M.; Santos, J.; Freitas, H.; Sousa, J.P.. "Assessing the impact of understory vegetation cut on soil epigeic macrofauna from a cork-oak Montado in South Portugal". Agroforestry Systems 82 2 (2011): 139-148. http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=ORCID&SrcApp=OrcidOrg&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS_CPL&KeyUT=WOS:000290162300005&KeyUID=WOS:000290162300005.
    10.1007/s10457-010-9358-z
Capítulo de livro
  1. Tavares, A. C.; Silva, S.; Santos, J.; Paiva, I; Oliveira, J.; Bettencourt, T.. "Inquire at Coimbra botanic garden: Products and process of an IBSE educative project". 4353-4356. 2014.
    10.1016/j.sbspro.2014.01.945
Livro
  1. Machado, Maria; Santos, Joaquim; Covelo, Filipe. Explorator. Explorar o mundo das plantas. Portugal: Zenodo. 2021.
    10.5281/ZENODO.5910451
Relatório
  1. Arnald Marcer; Santos, Joaquim; Austin Mast; Gil Nelson; Elizabeth Ellwood; Elspeth Haston. 2023. Natural History Collections Imaging Survey Report. Current imaging practices across institutions worldwide..
    10.5281/zenodo.7837354
Resumo em conferência
  1. Almeida, Inês; Direito, Bruno; Caliman Fontes, Lorena; Santos, Joaquim; Miguéis, Ana Eva; Santos-Carvalho, Ana; Neves, Maria João; Noro, Jorge. "Criar uma Comunidade de Ciência Aberta: passos e desafios na Universidade de Coimbra". Trabalho apresentado em 10th Forum GDI, Setúbal, 2023.
    Publicado
  2. Sabine von Mering; Paul Jean-Charles Braun; Robert Cubey; Quentin J. Groom; Elspeth Haston; Annika Hendriksen; Rukaya Johaadien; et al. "Modelling Research Expeditions in Wikidata: Best Practice for Standardisation and Contextualisation". 2023.
    10.3897/biss.7.111427
Tese / Dissertação
  1. "Accelerating Digitisation of Biological Collections for Fast Ecological Information Retrieval". Mestrado, Universidade de Coimbra, 2018. https://hdl.handle.net/10316/86223.

Outros

Conjunto de dados
  1. Joaquim Santos; Santos, Joaquim. Natural history specimens collected and/or identified and deposited..
    10.5281/zenodo.8030869
  2. Ruben H. Heleno; José Costa; Filipe Covelo; Joaquim Santos; Sérgio Timóteo. Fruiting phenology data for 4,462 spontaneous and cultivated plant taxa in Portugal (1926 – 2013). 2024.
    10.6084/m9.figshare.25016432.v1
  3. Ruben H. Heleno; José Costa; Filipe Covelo; Joaquim Santos; Pedro Brito Lopes; António Carmo Gouveia; Arménio Matos; et al. Historical data of spore availability for 109 spontaneous and cultivated ferns and lycopods taxa in Portugal (1926 – 2013). 2024.
    10.15468/6gp2ha
Outra produção
  1. Who is Who in Natural History Collections?. 2023. Sofie Meeus; Arturo H. Ariño; Torkild Bakken; Paul Jean-Charles BRAUN; Mathias Dillen; Dag Endresen; Elspeth Haston; et al.
    10.5281/zenodo.7781753
Atividades

Organização de evento

Nome do evento
Tipo de evento (Tipo de participação) 		Instituição / Organização
2021/09/08 - 2021/09/10 Workshop on Machine learning on images of natural history collections , Coimbra, 8-10 September 2021 (2021/09/08 - 2021/09/10)
Oficina (workshop) (Coorganizador)
 Universidade de Coimbra, Portugal