José Melo-Ferreira (0018-F63A-CC7E)

Curriculum Vitae

José Melo-Ferreira

José Melo-Ferreira completed his PhD in Biology on December 2008 at the University of Porto in collaboration with the U. Montpellier, where he developed most of the dissertation. Since 2009 he was an FCT post-doctoral fellow in CIBIO-InBIO (2009-2015), then Auxiliary Researcher (2015-2022) and Principal Researcher (2022-2024) in the same institution. He is Assitant Professor at the Faculty of Sciences, U. Porto, and since 2018 he leads the EVOCHANGE (Genomics of Evolutionary Change) research group at CIBIO-InBIO-BIOPOLIS, U. Porto. He is involved in The European Reference Genome Atlas (ERGA) as Council (elected) and Steering Committee (data analysis) member, and was executive coordinator of an institutional cooperation with two Research Units from the University of Montpellier. He is member of the Executive Board of the Biodiversity Genomics Europe consortium. His research is focused on evolutionary genomics, using high throughput sequencing data to tackle relevant evolutionary and conservation questions, such as the impact of climate chage on adaptive traits and the potential for future adaptation, the nature of hybridization and introgression, the underpinnings of biological invasions, or the use of genomics in biodiversity conservation toolkits, among others. He maintains close international collaborations, most notably with the University of Montpellier (France), U. Montana (USA), Polish Academy of Sciences (Poland) and the Swedish Museum of Natural History (Sweden). He has been awarded 6 research projects as Principal Investigator and 1 as co-Principal Investigator funded by FCT, is coordinating one work package and several tasks of an EU funded grant, and led four Portugal-France transnational cooperation projects (>2M euros attracted in competitive calls). He supervised 5 Post-Docs, 10 PhD, 15 MSc and 10 undergraduate students (including ongoing supervisions), and participated in several PhD and MSc examination panels. He authored 68 papers in international peer-reviewed journals, 8 pre-prints and 4 book chapters. His publications were cited 2548 times (SCI data), resulting in a current SCI h-index of 28 (4216 citations and h-index of 33 from Google Scholar). The vast majority of his papers were published in high-rank journals (first quartile), such as Science (3), Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, Genome Biology, Systematic Biology (2), Molecular Biology and Evolution (2), Trends in Ecology and Evolution, Trends in Genetics, Biological Reviews, Current Biology, Molecular Ecology (10), PLoS Genetics (2), Heredity (3), Genome Biology and Evolution (2), Journal of Biogeography (4), among others (mean impact factor per paper >7). He participated in numerous international conferences, authoring a total of 142 communications, and gave 16 invited seminars in multiple international institutions and events. He reviewed papers (for 30 different journals), project grants (Swedish, Belgian, Polish, Croatian and Czech agencies) and PhD dissertations. He teaches diverse curriculat units in the topics of evolution, population genetics and cell biology at the Faculty of Sciences University of Porto. He has been engaged in science dissemination being part of the committee that created the CIBIO weekly seminars (2010-2016), participated in the organization/scientific committee of 11 international conferences, and organizes the ERGA Analysis and Application seminars. He has been active in outreach and science education activities, giving several lectures to the general public, participating in media interviews and producing outreach materials about his research and evolution.

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Identificação

Identificação pessoal

Nome completo: José Melo-Ferreira

Nomes de citação

Melo-Ferreira, José
Melo-Ferreira, J.

Identificadores de autor

Ciência ID: 0018-F63A-CC7E
ORCID iD: 0000-0003-4473-1908
Google Scholar ID: YYMR-gMAAAAJ&hl
Scopus Author Id: 14035939300

Moradas

CIBIO-InBIO Laboratório Associado, Universidade do Porto. BIOPOLIS. Campus de Vairão, 4485-661, Vairão, Vila do Conde, Portugal (Profissional)
Departamento de Biologia, Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, 4169-007, Porto, Porto, Portugal (Profissional)

Websites

https://sites.google.com/site/meloferreiraj/ (Profissional)
https://evochangept.wordpress.com/ (Blogue)
https://evoluchange.wordpress.com/ (Blogue)
https://cibio.up.pt/en/people/details/jose-melo-ferreira/ (Profissional)

Domínios de atuação

Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia da Evolução das Espécies
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Biologia Molecular
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Zoologia
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Genética e Hereditariedade
Ciências Naturais - Ciências Biológicas - Conservação da Biodiversidade

Idiomas

Idioma	Conversação	Leitura	Escrita	Compreensão	Peer-review
Português (Idioma materno)
Inglês	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)
Francês	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador independente (B2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador independente (B2)
Espanhol; Castelhano	Utilizador proficiente (C1)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador independente (B2)	Utilizador proficiente (C2)	Utilizador independente (B2)

Formação

	Grau	Classificação
2008/12/05 Concluído	PhD in Biology (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal "Reticulate Evolution Among Hares (Lepus spp.): The Combined Effects of Glacial Cycles, Demography and Natural Selection Inferred From Molecular Variation" (TESE/DISSERTAÇÃO)	Approved (unanimous)
2002 Concluído	Licenciatura em Biologia (Licenciatura) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal "Analysis of the spatial pattern and levels of introgression in the Iberian hare, Lepus granatensis" (TESE/DISSERTAÇÃO)	16/20

Percurso profissional

Ciência

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2022/09/01 - 2024/08/31	Investigador principal (carreira) (Investigação)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2015/02/01 - 2022/08/31	Investigador Auxiliar (carreira) (Investigação)	Universidade do Porto Instituto de Ciências e Tecnologias Agrárias e Agro-Alimentares, Portugal
	Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2009/01/01 - 2015/01/31	Pós-doutorado (Investigação)	Universidade do Porto Instituto de Ciências e Tecnologias Agrárias e Agro-Alimentares, Portugal
	Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal
2003/03/01 - 2003/11/30	Assistente de Investigação (carreira) (Investigação)	Universidad de Castilla-La Mancha, Espanha
	Instituto de Investigación en Recursos Cinegéticos, Espanha

Docência no Ensino Superior

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2024/09/01 - Atual	Professor Auxiliar (Docente Universitário)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

2014/11/05 - 2024/08/31	Professor Auxiliar Convidado (Docente Universitário)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2010/10/01 - 2012/07/31	Professor Coordenador Convidado (Docente Ensino Superior Politécnico)	Instituto Politécnico de Saude do Norte Escola Superior de Saúde do Vale do Ave, Portugal

Cargos e Funções

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2018/01/01 - Atual	Group Leader	Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal

2015 - 2022	Executive Coordinator	International Associated Laboratory (LIA) Biodiversity and Evolution, Portugal

Outros

	Categoria Profissional Instituição de acolhimento	Empregador
2009/09/01 - 2014/02/28	Collaborator in Teaching (University Teacher)	Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal

2004/01/01 - 2008/06/30	PhD student (SFRH/ BD/ 13160/ 2003 FCT PhD grant from 2004 to 2007)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Projetos

Bolsa

	Designação	Financiadores
2015/06 - 2015/06	The impact of climate change on the genetic integrity of boreal taxa 226506 SE-TAF-4695 Investigador responsável Naturhistoriska riksmuseet, Suécia	European Commission Concluído
2009 - 2015	Natural Selection and Genome Admixture: Tracing adaptive and non-adaptive evolutionary processes SFRH/BPD/43264/2008 Bolseiro de Pós-Doutoramento Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2004 - 2008	Reticulate Evolution Among Hares (Lepus spp.): The Combined Effects of Glacial Cycles, Demography and Natural Selection Inferred from Molecular Variation SFRH/BD/13160/2003 Bolseiro de Doutoramento Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído

Projeto

	Designação	Financiadores
2023/09/01 - Atual	Colour4Change - ERC-Portugal ERC-Portugal J. Melo-Ferreira Investigador responsável Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2022/09/01 - Atual	Biodiversity Genomics Europe 101059492 Work Package and Task Leader	European Commission Em curso
2021/03/15 - Atual	HybridChange - O potencial da hibridização para promover adaptação rápida durante alterações climáticas PTDC/BIA-EVL/1307/2020 10.54499/PTDC/BIA-EVL/1307/2020 Investigador responsável Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2021/03/01 - Atual	DrosuGreen: Controlling the quarantine pest Drosophila suzukii through epidemiological studies and new Green biocontrol techniques PTDC/ASP-PLA/4477/2020 Investigador Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2018 - Atual	Colours hidden in the forest: evolutionary genomics of colour patterns in Neotropical frogs PTDC/BIA-EVL/28621/2017 Investigador Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal	Fundacao para a Computacao Cientifica Nacional Em curso
2021/01/01 - 2025/12/31	Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva (InBIO) LA/P/0048/2020 10.54499/LA/P/0048/2020 Investigador Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2020/01/01 - 2023/12/31	Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva UIDB/50027/2020 10.54499/UIDB/50027/2020 Investigador Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2020/01/01 - 2023/12/31	Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva UIDP/50027/2020 10.54499/UIDP/50027/2020 Investigador Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal Universidade de Lisboa Instituto Superior de Agronomia, Portugal Fundação Gaspar Frutuoso, Portugal Universidade do Porto Instituto de Ciências Tecnologias e Agroambiente, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2018/06/01 - 2022/05/31	2CHANGE: To Change or not to Change? The genetic basis and evolution of seasonal coat colour polymorphism PTDC/BIA-EVL/28124/2017 POCI-01-0145-FEDER-028124 Investigador responsável Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Em curso
2019/01/01 - 2020/12/31	Genomics of differentiation and hybridization in two mammal systems: hares and mice TC-03/19 Investigador responsável Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Conselho dos Reitores das Universidades Portuguesas Em curso
2015/02 - 2020/01	How is Climate Change shaping the genetic composition of exposed species? IF/00033/2014/CP1256/CT0005 Investigador responsável Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2018/01/01 - 2019/12/31	Genomics of species differentiation and admixture in two mammal systems: hares and mice PESSOA 441.00 França Investigador responsável Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2016/07 - 2019/06	CHANGE: Seasonal Coat Colour and the impact of Climate Change on the genetic composition of boreal species PTDC/BIA-EVF/1624/2014 Investigador responsável Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Desativado
2016/01 - 2016/12	Determining the role of cytonuclear coevolution and massive mtDNA introgression TC-13_16 Investigador responsável Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Conselho dos Reitores das Universidades Portuguesas Concluído
2013/05/30 - 2016/05/29	HybridAdapt - Hybridization, adaptation and historical demography: a population genomics study info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/127522/PT FCT-ANR/BIA-EVF/0250/2012 Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2012/05/01 - 2015	COMBINING POPULATION GENOMICS AND QUANTITATIVE GENETICS TO DECIPHER THE MOLECULAR BASIS OF PHENOTYPIC CHANGE DURING THE EARLY STAGES OF ANIMAL DOMESTICATION info:eu-repo/grantAgreement/FCT/COMPETE/122943/PT PTDC/CVT/122943/2010 Investigador Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2013/01 - 2014/12	HybridCoop: Hybridization and adaptation in Iberian hares PESSOA Proc. 441.00 França Investigador responsável Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2011/04 - 2014/09	Assessing the impact of adaptation and species range shifts during glacial cycles on mitochondrial DNA introgression info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5876-PPCDTI/111931/PT PTDC/BIA-EVF/111931/2009 Investigador responsável Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2011/04/01 - 2014	CRYPSIS - Genetic determination and evolution of seasonal phenotype variation of coat-colour in boreal species info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5876-PPCDTI/115069/PT PTDC/BIA-EVF/115069/2009 Investigador Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2008/06/01 - 2011	Evaluating the importance of the X-chromosome "large effect" in the initial stages of reproductive isolation between two pairs of divergent lagomorph taxa info:eu-repo/grantAgreement/FCT/5876-PPCDTI/72277/PT PTDC/BIA-BDE/72277/2006 Investigador Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2007/01/01 - 2009	Deciphering the mechanisms of rabbit genetic resistance to myxomatosis and rabbit haemorrhagic viral disease info:eu-repo/grantAgreement/FCT/3599-PPCDT/82949/PT POCTI/BIA-BDE/61553/2004 Investigador Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2005/09/01 - 2008	Interspecific mtDNA transfer, selection and adaptation to cold in hares info:eu-repo/grantAgreement/FCT/POCI/58817/PT POCTI/BIA-BDE/58301/2004 Investigador Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2004 - 2005	Assessing phylogeographic patterns and levels of introgression in the Iberian hare, Lepus granatensis info:eu-repo/grantAgreement/FCT/POCI/41457/PT POCTI/BSE/41457/2001 Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Fundação para a Ciência e a Tecnologia Concluído
2003 - 2003	Characterization and genetic diagnosis of the Red-legged Partridge in the hunting farm of Chinchilla (Albacete) - Investigador Instituto de Investigación en Recursos Cinegéticos, Espanha	Concluído
2002 - 2002	The importance of the genetic characterization of the wild rabbit (Oryctolagus cuniculus) and hare (Lepus granatensis) Programa AGRO, Medida 8, Acção 8.1 Investigador Universidade do Porto Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Portugal	Concluído

Produções

Publicações

Artigo em conferência	Campos, Rita; Melo-Ferreira, José. "Let's talk about climate change... but when do we start?". Trabalho apresentado em 16th International Public Communication of Science and Technology Conference, 2021. Publicado
Artigo em revista	Marques, João P.; Alves, Paulo C.; Amorim, Isabel R.; Lopes, Ricardo J.; Moura, Monica; Myers, Eugene; Sim-sim, Manuela; et al. Autor correspondente: Melo-Ferreira, José. "Building a Portuguese coalition for biodiversity genomics". npj Biodiversity 3 1 (2024): https://doi.org/10.1038/s44185-024-00061-7. Acesso aberto • Publicado • 10.1038/s44185-024-00061-7 Böhne, Astrid; Fernández, Rosa; Leonard, Jennifer A.; McCartney, Ann M.; McTaggart, Seanna; Melo-Ferreira, José; Monteiro, Rita; et al. "Contextualising samples: supporting reference genomes of European biodiversity through sample and associated metadata collection". npj Biodiversity 3 1 (2024): https://doi.org/10.1038/s44185-024-00053-7. Acesso aberto • Publicado • 10.1038/s44185-024-00053-7 Mc Cartney, Ann M.; Formenti, Giulio; Mouton, Alice; De Panis, Diego; Marins, Luísa S.; Leitão, Henrique G.; Diedericks, Genevieve; et al. "The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics". npj Biodiversity 3 1 (2024): https://doi.org/10.1038/s44185-024-00054-6. Acesso aberto • 10.1038/s44185-024-00054-6 Sario, Sara; Marques, João P.; Farelo, Liliana; Afonso, Sandra; Santos, Conceição; Melo-Ferreira, José. "Dissecting the invasion history of Spotted-Wing Drosophila (Drosophila suzukii) in Portugal using genomic data". BMC Genomics 25 1 (2024): https://doi.org/10.1186/s12864-024-10739-8. Publicado • 10.1186/s12864-024-10739-8 Cardoso, Beatriz; Carpio, Antonio J.; Martinez-Haro, Mónica; Beltrán-Beck, Beatriz; Alzaga, Vanesa; Farelo, Liliana; Campos, Rita; et al. "Eco-physiological arguments on the functional impact of Lepus timidus mitochondrial DNA introgression in Iberian hares (Lepus granatensis)". Journal of Zoology 322 3 (2024): 281-289. http://dx.doi.org/10.1111/jzo.13142. Publicado • 10.1111/jzo.13142 Schelle, Luca; Côrte-Real, João Vasco; Fayyaz, Sharmeen; del Pozo Ben, Augusto; Shnipova, Margarita; Petersen, Moritz; Lotke, Rishikesh; et al. "Evolutionary and functional characterization of lagomorph guanylate-binding proteins: a story of gain and loss and shedding light on expression, localization and innate immunity-related functions". Frontiers in Immunology 15 (2024): http://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2024.1303089. 10.3389/fimmu.2024.1303089 José Costa; João Queirós; Fernando Ballesteros; Nadia Mucci; João Souto; Eugénio Silva; José Melo-Ferreira; Paulo Célio Alves. "Low genetic diversity and shallow population structure in the broom hare, Lepus castroviejoi (Lagomorpha: Leporidae)". Biological Journal of the Linnean Society (2024): https://doi.org/10.1093/biolinnean/blad080. 10.1093/biolinnean/blad080 Sario, Sara; Melo-Ferreira, José; Santos, Conceição. "Winter Is (Not) Coming: Is Climate Change Helping Drosophila suzukii Overwintering?". Biology 12 7 (2023): 907. http://dx.doi.org/10.3390/biology12070907. 10.3390/biology12070907 Ferreira, Mafalda S.; Thurman, Timothy J.; Jones, Matthew R.; Farelo, Liliana; Kumar, Alexander V.; Mortimer, Sebastian M. E.; Demboski, John R.; et al. Autor correspondente: Ferreira, Mafalda S.. "The evolution of white-tailed jackrabbit camouflage in response to past and future seasonal climates". Science 379 6638 (2023): 1238-1242. http://dx.doi.org/10.1126/science.ade3984. Publicado • 10.1126/science.ade3984 Theissinger, Kathrin; Fernandes, Carlos; Formenti, Giulio; Bista, Iliana; Berg, Paul R.; Bleidorn, Christoph; Bombarely, Aureliano; et al. "How genomics can help biodiversity conservation". Trends in Genetics (2023): http://dx.doi.org/10.1016/j.tig.2023.01.005. 10.1016/j.tig.2023.01.005 Marques, João Pedro; Alves, Paulo Célio; Amorim, Isabel R.; Lopes, Ricardo J.; Moura, Mónica; Meyers, Gene; Sim-Sim, Manuela; et al. Autor correspondente: Melo-Ferreira, J.. "Building a Portuguese Coalition for Biodiversity Genomics". PCI Genomics (2023): http://dx.doi.org/10.32942/x20w3q Peer reviewed and recommended by PCI Genomics (https://doi.org/10.24072/pci.genomics.100257). Acesso aberto • 10.32942/x20w3q Neves, Fabiana; de Sousa-Pereira, Patrícia; Melo-Ferreira, José; Esteves, Pedro J.; Pinheiro, Ana. "Evolutionary analyses of polymeric immunoglobulin receptor (pIgR) in the mammals reveals an outstanding mutation rate in the lagomorphs". Frontiers in Immunology 13 (2022): http://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2022.1009387. 10.3389/fimmu.2022.1009387 Almeida, Susana C.; Neiva, João; Sousa, Filipe; Martins, Neusa; Cox, Cymon J.; Melo-Ferreira, José; Guiry, Michael D.; Serrão, Ester A.; Pearson, Gareth A.. "A low-latitude species pump: Peripheral isolation, parapatric speciation and mating-system evolution converge in a marine radiation". Molecular Ecology 31 18 (2022): 4797-4817. http://dx.doi.org/10.1111/mec.16623. 10.1111/mec.16623 Neves, Fabiana; Marques, João Pedro; Areal, Helena; Pinto-Pinho, Patrícia; Colaço, Bruno; Melo-Ferreira, José; Fardilha, Margarida; Abrantes, Joana; Esteves, Pedro José. "TLR7 and TLR8 evolution in lagomorphs: different patterns in the different lineages". Immunogenetics 74 5 (2022): 475-485. http://dx.doi.org/10.1007/s00251-022-01262-9. Publicado • 10.1007/s00251-022-01262-9 Formenti, Giulio; Theissinger, Kathrin; Fernandes, Carlos; Bista, Iliana; Bombarely, Aureliano; Bleidorn, Christoph; Ciofi, Claudio; et al. "The era of reference genomes in conservation genomics". Trends in Ecology & Evolution 37 3 (2022): 197-202. http://dx.doi.org/10.1016/j.tree.2021.11.008. 10.1016/j.tree.2021.11.008 Côrte-Real, João Vasco; Baldauf, Hanna-Mari; Melo-Ferreira, José; Abrantes, Joana; Esteves, Pedro José. 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Alves; Pelayo Acevedo. "Iberian hares with anciently introgressed mitochondrial DNA express a marginal environmental niche". Journal of Biogeography (2021): https://doi.org/10.1111/jbi.14155. 10.1111/jbi.14155 Mafalda S. Ferreira; Matthew R. Jones; Colin M. Callahan; Liliana Farelo; Zelalem Tolesa; Frank Suchentrunk; Pierre Boursot; et al. "The Legacy of Recurrent Introgression during the Radiation of Hares". Systematic Biology (2021): http://dx.doi.org/10.1093/sysbio/syaa088. No prelo • 10.1093/sysbio/syaa088 Matos, Maria C.; Pinheiro, Ana; Melo-Ferreira, José; Davis, Randall S.; Esteves, Pedro J.. "Evolution of Fc Receptor-like Scavenger (FCRLS) in Mammals". Frontiers in Immunology 11 3937 (2021): Acesso aberto • Publicado • 10.3389/fimmu.2020.590280 Lado, Sara; Elbers, Jean P.; Rogers, Mark F.; Melo-Ferreira, José; Yadamsuren, Adiya; Corander, Jukka; Horin, Petr; Burger, Pamela A.. 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Artigo em revista (magazine)	Freitas, Hélder; Alves, Paulo C; Melo-Ferreira, José. "Natural Hybridization between the brown hare and the Iberian hare in the province of Álava: evidence from new genetic markers", 2006 Alves, Paulo C.; Melo-Ferreira, José. "Molecular Evidence of Natural Hybridization between Lepus europaeus and L. granatensis in Álava", Accazadores, Revista de la Asociación de Cotos de Caza de Álava, 2004 Alves, Paulo C.; Melo-Ferreira, José. "Molecular Evidence of the presence of the mountain hare (Lepus timidus) in the Iberian Peninsula: Situation in Álava", Accazadores, Revista de la Asociación de Cotos de Caza de Álava , 2003
Capítulo de livro	Alves, Paulo Célio; Acevedo, Pelayo; Melo-Ferreira, José. "Iberian Hare Lepus granatensis Rosenhauer, 1856". In Handbook of the Mammals of Europe, 1-23. Springer International Publishing, 2023. 10.1007/978-3-319-65038-8_8-1 Melo-Ferreira, J.; Alves, P.C.. "Systematics of lagomorphs". 9-12. 2018. Andrade, R.; Machado, A.; Gorito, M.; Melo-Ferreira, José. "Origem da variabilidade genética". In Um livro sobre evolução, 26-34. Porto, Portugal: CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, 2013. Publicado Abegão, C.; Melo-Ferreira, José. "Evolução por selecção artificial". In Um livro sobre Evolução, editado por Campos, Rita, 49-53. Porto, Portugal: CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, 2013. Publicado Melo-Ferreira, José; Alves, Paulo C.. "Evolutionary History, Taxonomy and Genetics of the broom hare.". In Situación y conservación de la liebre de piornal Lepus castroviejoi en la Cordillera Cantabrica. Espanha: OAPN, 2009. Publicado Alves, Paulo C.; Melo-Ferreira, José; Ferreira, José. "Are Lepus corsicanus and L. castroviejoi conspecific? Evidence from the analysis of nuclear markers". In Conservazione di Lepus corsicanus stato delle conoscenze, editado por de Filippo, G.; de Riso, L.; Riga, F.; Trocchi, V.; Toisi, S. R.. Napoli, Itália: IGF, 2007. Publicado
Livro	Campos, Rita; Melo-Ferreira, José. Mudar ou não mudar? A evolução da camuflagem sazonal e as alterações climáticas. Portugal: CIBIO-InBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, InBIO Laboratório Associado, Associação BIOPOLIS. 2022. Publicado Campos, Rita; Melo-Ferreira, José; Acevedo, Pelayo. Ghost Hares - Evolution of Hares in the Iberian Peninsula. Porto, Portugal: CIBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos. 2015. Publicado
Poster em conferência	Melo-Ferreira, José. "64 contributed poster communications at international and national conferences since 2004.". 2025.
Pré-impressão	Astrid Böhne; Rosa Fernández; Jennifer A. Leonard; Ann M. McCartney; Seanna McTaggart; José Melo-Ferreira; Rita Monteiro; et al. "Contextualising samples: Supporting reference genomes of European biodiversity through sample and associated metadata collection". 2023. https://doi.org/10.1101/2023.06.28.546652. 10.1101/2023.06.28.546652 Mc Cartney, Ann M; Formenti, Giulio; Mouton, Alice; De Panis, Diego; Marins, Luísa S; Leitão, Henrique G; Diedericks, Genevieve; et al. "The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics". 2023. http://dx.doi.org/10.1101/2023.09.25.559365. 10.1101/2023.09.25.559365 Giska, Iwona; Pimenta, João; Farelo, Liliana; Boursot, Pierre; Hackländer, Klaus; Jenny, Hannes; Reid, Neil; et al. Autor correspondente: Melo-Ferreira, José. "The evolutionary pathways for local adaptation in mountain hares". 2021. http://dx.doi.org/10.1101/2021.09.16.460230. 10.1101/2021.09.16.460230 Lado, Sara; Elbers, Jean P.; Rogers, Mark F.; Melo-Ferreira, José; Yadamsuren, Adiya; Corander, Jukka; Horín, Petr; Burger, Pamela A.. "Nucleotide diversity of functionally different groups of immune response genes in Old World camels based on newly annotated and reference-guided assemblies". 2020. http://dx.doi.org/10.21203/rs.3.rs-29901/v1. 10.21203/rs.3.rs-29901/v1 Ferreira, Mafalda S.; Jones, Matthew R.; Callahan, Colin M.; Farelo, Liliana; Tolesa, Zelalem; Suchentrunk, Franz; Boursot, Pierre; et al. "The legacy of recurrent introgression during the radiation of hares". 2020. http://dx.doi.org/10.1101/2020.06.19.160283. 10.1101/2020.06.19.160283
Resumo em conferência	Melo-Ferreira, José. "142 Conference abstracts (78 talks by himself or co-authors, and 64 posters) since 2004". 2025.
Tese / Dissertação	Melo-Ferreira, José. "Reticulate Evolution Among Hares (Lepus spp.): The Combined Effects of Glacial Cycles, Demography and Natural Selection Inferred from Molecular Variation". Doutoramento, Universidade do Porto Faculdade de Ciências, 2008.

Atividades

Apresentação oral de trabalho

	Título da apresentação	Nome do evento Anfitrião (Local do evento)
2024/04/18	Genomics of seasonal camouflage and the potential for adaptation to climate change	Biology Seminar Series New York University Abu Dhabi (Abu Dhabi, Emiratos Árabes Unidos)
2024	Contributed oral presentations at international and national conferences since 2003: 10 self, 62 by co-authors.
2021/10/25	To change or not to change? Repeated evolution of seasonal coat colour polymorphism	Seminar Computational and Molecular Population Genetics (CMPG), Institute of Ecology and Evolution, University of Bern, Switzerland (Bern, Suiça)
2021/03/24	Using population genomics to understand biological invasions: Drosophila suzukii as case study	II Plant Pests and Diseases Forum Faculty of Sciences, University of Porto (Portugal)
2020/11/06	To change or not to change? Repeated evolution of seasonal coat colour polymorphism across species	Seminars in Biodiversity and Evolution CIBIO-InBIO, U. Porto (Vairão, Portugal)
2020/08/04	Adaptive introgression underlies coat color polymorphism	Dobzhanski Journal Club University of Munich (Munich, Alemanha)
2020	Recurrent evolution of seasonal coat colour change polymorphism	International Meeting of the Portuguese Society of Genetics Universidade do Algarve (Faro, Portugal)
2018	The genetic basis and evolution of seasonal coat colour change polymorphism	Seminars in Ecology and Evolution Université Montpellier (Montpellier, França)
2017	The genomics of historical hybridization in hares	Seminar Konrad-Lorenz-Institute of Ethology, University of Veterinary Sciences, Vienna (Vienna, Áustria)
2016	The genomic legacy of ancient hybridization in hares	Seminar Department of Biological Sciences, University of Montana (Missoula, Estados Unidos)
2016	Recent Advances in Understanding the Evolution of Lagomorphs	5th World Lagomorph Conference California State University (Turlock, Estados Unidos)
2016	Using genomics to understand relevant evolutionary processes in hares (genus Lepus)	Seminar Queen’s University Belfast (Belfast, Reino Unido)
2015	Genetic architectures of historical hybridization and seasonal coat color change in hares	Seminar Zoology Department, Stockholm University (Stockholm, Suécia)
2014	6 Invited Outreach Lectures between 2011 and 2014
2011	Recurrent gene flow in the recent speciation history of hares (Lepus spp.)	Seminar CIIMAR, U. Porto (Porto, Portugal)
2010	Gene flow in the recent speciation history of hares (Lepus spp.): from patterns to processes	Seminar ISEM, U. Montpellier (Montpellier, França)
2007	Ancient mitochondrial DNA introgression from an arctic species into Iberian hares: history vs. demography	Seminar ISEM, U. Montpellier (Montpellier, França)
2006	Massive ancient mitochondrial DNA introgression from an arctic species into Iberian hares: can history and demography explain it all?	Seminar Computational and Molecular Population Genetics (CMPG) Laboratory, Zoological Institute, University of Berne (Bern, Suiça)

Orientação

	Título / Tema Papel desempenhado	Curso (Tipo) Instituição / Organização
2023/03/01 - Atual	The causes and consequences of ancient hybridization among hares (Lepus spp.) Orientador	Biodiversidade, Genética e Evolução (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2023 - Atual	The adaptive potential of sharks in a changing ocean: insights from comparative and population genomics Orientador	Biodiversidade, Genética e Evolução (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2023 - Atual	PomeSafe: Improved sustainable management of Erwinia amylovora through integrative multi-omics, detection and green chemistry approaches Coorientador	Biologia (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021/10/01 - Atual	Evolution and adaptive potential of seasonal camouflage in stoats (Mustela erminea) Orientador de Marcela Alvarenga de Almeida Simões	Biodiversidade, Genética e Evolução (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021/10/01 - Atual	Determinants of genetic diversity: integrating demography, ecology and life-history variation in a polymorphic system, Salamandra salamandra Coorientador	Biodiversidade, Genética e Evolução (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2016 - Atual	The role of natural selection in species genomic differentiation and admixture: a comparative approach in hares and mice Orientador de João Pedro Nogueira Marques	Biodiversidade, Genética e Evolução (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2019 - 2025/01/30	The evolution and adaptive potential of seasonal coat colour variation in the least weasel: combining evolutionary genomics, ecological modelling and science communication Orientador de Inês da Costa Miranda	Biodiversidade, Genética e Evolução (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2023 - 2024	Genetic basis for the behavioral differences between the sister species Mus spicilegus and Mus macedonicus using whole genome sequencing data Coorientador	Biologia (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021 - 2022	Using genomics to dissect the history of divergence and hybridization in the sister broom and Corsican hares (Lepus spp.) Orientador de João Souto	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021 - 2022	Introgressive hybridization promoted by climate change: a case study on hares (Lepus spp.) Orientador de Juliana Sofia Alves	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021 - 2022	Assessing the distribution and genetic diversity of the broom hare, Lepus castroviejoi, for improving conservation planning Coorientador	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2015 - 2021/03/02	The evolution and molecular bases of seasonal coat colour variation in hares: gene expression and the shared contribution of ancestral polymorphism and introgression Orientador de Ana Mafalda Sousa Ferreira	Biodiversidade, Genética e Evolução (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021 - 2021	Phylogeographic context of pelage colour variation in the least weasel (Mustela nivalis) Orientador de João Rafael Meira Matos	Biologia Aplicada (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Minho, Portugal
2020 - 2021	FlexOmics: Flexible Toolkit for Genomic Statistical Analysis Orientador de Jorge Miguel Gonçalves Simões	Bioinformática e Biologia Computacional (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2020 - 2021	Phylogeography of the long-tailed weasel (Mustela frenata) in the context of pelage colour variation Orientador de Victor Soares Morin	Biologia (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2018 - 2021	Characterization of the Immunogenome in Domestic, Wild and Extinct Old World Camelids Coorientador de Sara Lado	Doctor of Philosophy (Doutoramento) Veterinärmedizinische Universität Wien, Áustria
2018 - 2020	Genetic diversity and evolution of DQA gene in hares (Lepus spp.) Orientador de Dinis Leal da Silva	Biologia, Internship (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2017 - 2018	The genetic basis of seasonal coat colour variation in the least weasel, Mustela nivalis Orientador de Inês da Costa Miranda	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2013 - 2017	Genome admixture with massive mitochondrial DNA introgression in hares (Lepus spp.): the relative roles of demography and natural selection Orientador de Fernando António Pereira da Silva Ferreira Seixas	Biodiversidade, Genética e Evolução (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2015 - 2016	Hybridization signals in Fucus diversification Coorientador de Susana Cerveira Campar Almeida	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2015 - 2016	Characterizing Population Differentiation and Genetic Variation in Candidate Genes in Mountain Hare (Lepus timidus) Populations with Distinct Coat Color Phenotypes Orientador de Inês da Costa Miranda	Biologia, Internship (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014 - 2015	Systematics of North African hares (Lepus spp.) Orientador de Sara Ribeiro Barbosa Almendra Lado	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014 - 2015	Understanding the Evolutionary History using Genetic Variation in two Model Systems: Phylogeography of the White-Tailed Jackrabbit, Lepus townsendii, and Colonization of the Faroe Islands by the Mountain Hare, Lepus timidus Orientador de Sophia Camille Freer Rosa	Biologia, Internship (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2013 - 2015	Genética das populações de tartarugas cabeçuda nidificante na Reserva Marinha Parcial da Ponta do Ouro, Sul de Moçambique Coorientador de Raquel Fernandes	Aquatic Biology and Coastal Ecosystems (Mestrado) Universidade Eduardo Mondlane, Moçambique
2013 - 2014	Understanding the genetic basis of seasonal coat color change in the snowshoe hare, Lepus americanus: an RNA sequencing approach Orientador de Ana Mafalda Sousa Ferreira	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2012 - 2013	Population genetics and systematics of North African hares (genus Lepus) Orientador de Sara Ribeiro Barbosa Almendra Lado	Biologia, Internship (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2011 - 2012	The Speciation History of North American Hares (Lepus spp.): Divergence with Gene Flow? Orientador de Fernando António Pereira da Silva Ferreira Seixas	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2011 - 2012	Construction of a microsatellite battery for future population genetics studies on Iberian hare (Lepus granatensis) Orientador de Ana Júlia Almeida Miranda	Biologia, Internship (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2010 - 2011	Genetic variability in genes associated with physiological and adaptive functions in lagomorphs Coorientador de Ana Margarida Lima Lopes	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2009 - 2011	The role of the X chromosome on reticulate evolution of hares (Lepus spp.) Orientador de Liliana Maria da Silva Farelo	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2009 - 2011	Decoding the mechanisms underlying mitogenomic evolution in hares (Lepus spp.) Orientador de Joana Maria de Almeida Pereira Vilela	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2009 - 2010	Phylogenetic Relationships and phylogeography of the North American Hares (genus Lepus) Orientador de Tânia Marisa Braz Nogueira	Biologia, Internship (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2009 - 2010	History of the colonization of Majorca by the Leporids Orientador de Fernando António Pereira da Silva Ferreira Seixas	Biologia, Internship (Licenciatura/Bacharelato) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal

Organização de evento

	Nome do evento Tipo de evento (Tipo de participação)	Instituição / Organização
2023 - Atual	ERGA Biogenome Analysis and Applications Seminars (2023) Seminário (Coorganizador)
2010 - Atual	Trends in Biodiversity and Evolution (2010 - 2011) Congresso (Coorganizador)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2024/09/30 - 2024/10/01	Genome Applications Symposium, BGE-ERGA (2024/09/30 - 2024/10/01) Conferência (Presidente da Comissão Organizadora)
2024/06/04 - 2024/06/06	7th International Mouse Meeting (2024/04 - 2024/06/06) Congresso (Presidente da Comissão Organizadora)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2022 - 2022	BIOPOLIS Genomics Day (2022 - 2022) Simpósio (Presidente da Comissão Organizadora)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2017 - 2017	LIA Biodiversity and Evolution Scientific Meeting 2017 (2017 - 2017) Simpósio (Presidente da Comissão Organizadora)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2016 - 2016	Congenomics (2016 - 2016) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2011 - 2016	Seminars in Biodiversity and Evolution (2011 - 2016) Seminário (Coorganizador)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2013 - 2013	Advances in Ecological Speciation (2013 - 2013) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2011 - 2011	Trends in Biodiversity and Evolution (2011 - 2011) Congresso (Membro da Comissão Organizadora)	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal
2004 - 2004	2nd World Lagomorph Conference (2004) Congresso	Associação BIOPOLIS - Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Portugal

Júri de grau académico

	Tema Tipo de participação	Nome do candidato (Tipo de grau) Instituição / Organização
2024/02/29	Genomics of ecotype formation: interplay between demographic processes and natural selection Arguente	João Carvalho (Doutoramento) Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Portugal
2024/01/11	Delving into the Depths: Unraveling Cetacean's Evolution through Gene Loss and Population Genomics Arguente	Raul Valente (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2022/01/31	Insights about the evolutionary mechanisms of poxviruses: Myxoma virus in Lepus, a case study Vogal	Ana Águeda Pinto (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021/07/08	Life in Deserts: a genomic history of adaptation and introgression in North African foxes Vogal	Joana Maria Laranjeira Rocha (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2020	Genetic basis of simple and complex traits with relevance to avian evolution Vogal	Malgorzata Anna Gazda (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2020	Identifying local adaptation in large amphibian genomes Vogal	Kevin Mulder (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2019	Coexistence of northern hares – consequences of crossbreeding and changing climate	Riikka Levänen (Doutoramento) Itä-Suomen yliopisto, Finlândia
2017	The Genetic Basis of Plumage Colour Variation in the Gouldian finch (Erythrura gouldiae): an RNA-seq approach Arguente principal	Cristiana Marques (Mestrado) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2016	Evolution of immunoglobulins in Leporids: inferences of genetic resistance against pathogens	Ana Maria Pinheiro Rombert Pinhão (Doutoramento) Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014	Evolutionary Relationships among Hares (Lepus spp.) from Ethiopia: Multivariate Morphometry, Molecular Phylogenetics and Population Genetics Arguente principal	Zelalem Gebremariam Tolesa (Doutoramento) Addis Ababa University, Etiópia
2010	Caracterização genética do gene “Toll-like Receptor 3” (TLR3) em populações naturais de Coelho-bravo (Oryctolagus cuniculus) Arguente principal	Helena Carla Oliveira Areal (Mestrado) Instituto Politécnico de Saude do Norte Escola Superior de Saúde do Vale do Ave, Portugal

Arbitragem científica em conferência

	Nome da conferência	Local da conferência
2024 - 2024	7th International Mouse Meeting	Vila do Conde
2022 - 2022	Trends in Biodiversity and Evolution - The Biology of Colour	Vila do Conde
2019 - 2019	XV Encontro Nacional de Biologia Evolutiva	CIIMAR, U. Porto
2017 - 2017	LIA Biodiversity and Evolution Scientific Meeting 2017	CIBIO-InBIO, U. Porto
2016 - 2016	Congenomics	CIBIO-InBIO, U. Porto
2013 - 2013	Advances in Ecological Speciation	CIBIO-InBIO, U. Porto
2011 - 2011	Trends in Biodiversity and Evolution	CIBIO-InBIO, U. Porto
2010 - 2010	Trends in Biodiversity and Evolution	CIBIO-InBIO, U. Porto

Arbitragem científica em revista

	Nome da revista (ISSN)	Editora
2009 - Atual	Reviewer for 30 journals

Curso / Disciplina lecionado

	Disciplina	Curso (Tipo)	Instituição / Organização
2023 - Atual	Genética Molecular e Citogenética (Molecular Genetics and Cytogenetics); 2.02 (2023) and 2.50 (2024) weekly hours per semestre	Biologia	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2023 - Atual	Análise in Silico de Genomas, Transcriptomas e Proteomas (In Silico Analysis of Genomes, Transcriptomes and Proteomes); 0.50 (2023) and 1.0 (2024) weekly hours per semestre	Biologia Celular e Molecular	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2021 - Atual	Genética Populacional e Filogeografia (Population Genetics and Phylogeography), 1.3 weekly hours per semestre	Biodiversidade, Genética e Evolução	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2022 - 2023	Biologia Celular (Cell Biology), 0.94 weekly hours per semestre	Bioquímica	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2022 - 2023	Biologia Celular e Molecular (Cell and Molecular Biology); 1.72 weekly hours per semestre	Engenharia e Biotecnologia Florestal	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2020/10/01 - 2021/02/28	Population Genetics and Phylogeography. MSc in Biodiversity, Genetics and Evolution, Faculty of Sciences, University of Porto. 1.1 weekly hour per semester	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2019/10/21 - 2020/02/29	Cell Biology. BSc Biology. Faculty of Sciences, University of Porto. 2.28 weekly hours in the semestre.	Biologia (Licenciatura)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2014/11/05 - 2019/02/28	Population Genetics and Phylogeography. MSc in Biodiversity, Genetics and Evolution, Faculty of Sciences, University of Porto. 1 weekly hour per semester.	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2009/09/01 - 2014/02/28	Population Genetics and Phylogeography. MSc in Biodiversity, Genetics and Evolution, Faculty of Sciences, University of Porto. 1st semester of each academic year. 1 weekly hour per semester.	Biodiversidade, Genética e Evolução (Mestrado)	Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal
2010 - 2012	Research Methods I	Neurofisiologia (Licenciatura)	Instituto Politécnico de Saude do Norte Escola Superior de Saúde do Vale do Ave, Portugal
2010 - 2012	Research Methods II	Neurofisiologia (Licenciatura)	Instituto Politécnico de Saude do Norte Escola Superior de Saúde do Vale do Ave, Portugal
2010 - 2010	Phylogeography: State of the Art - Workshop	(Outros)	Universidade dos Açores, Portugal

Entrevista (jornal / revista)

	Descrição da atividade	Jornal / Forum
2023	Various press releases and media coverage of publications since 2018 to the present.

Entrevista / Programa (rádio / tv)

	Programa	Tema
2023 - 2023	Biosfera	O Apocalipse dos Insectos
2023 - 2023	Biosfera	Biologia da Coloração
2023 - 2023	Biodiversity Genomics Europe Consortium
2013 - 2013	Mentes que Brilham

Membro de associação

	Nome da associação	Tipo de participação
2023 - Atual	European Society for Evolutionary Biology (ESEB)
2020 - Atual	Society of Systematic Biologists (SSB)
2014 - Atual	Society for the Study of Evolution (SSE)
2011 - Atual	Associação Portuguesa de Biologia Evolutiva (APBE; Portuguese Society for Evolutionary Biology)

Membro de comissão

	Descrição da atividade Tipo de participação	Instituição / Organização
2022 - Atual	Data Analysis Committee (Steering Committee), European Reference Genome Atlas Membro
2022 - Atual	Executive Board member - Biodiversity Genomics Europe consortium Membro
2021 - Atual	Council of the European Reference Genome Atlas (ERGA) initiative (representing Portugal) Membro

Outro júri / avaliação

	Descrição da atividade	Instituição / Organização
2023 - 2023	Grant reviewer	Vetenskapsradet, Suécia
2021 - 2021	Grant reviewer	Narodowe Centrum Nauki, Polónia
2016 - 2021	Grant Reviewer.	Fonds de la Recherche Scientifique, Bélgica
2019 - 2019	Grant reviewer	Grantová agentura Ceské republiky, República Checa
2018 - 2018	Grant reviewer.	Hrvatska Zaklada za Znanost, Croácia

Tutoria

	Tópico	Nome do aluno
2024/05/01 - Atual	Post-doctoral Researcher on Genomics and Modelling	João Carvalho
2023 - Atual	Research Technician	Joana Pinto
2022 - Atual	Post-doctoral Researcher on Genomics.	João P. Marques
2019 - Atual	Post-doctoral Researcher on Population Genomics.	João Pimenta
2011 - Atual	Research Technician	Liliana Maria da Silva Farelo
2023 - 2024	Transcriptomics	Ariadne Sabbag
2018 - 2019	Research Technician	Inês da Costa Miranda
2018 - 2019	Visiting PhD student; Population Genetics; Department of Life Sciences, University of Modena and Reggio Emilia, Italy.	Lucia Piemontese
2017 - 2019	Post-Doctoral Researcher on Population Genomics.	Iwona Giska
2011 - 2014	Research Technician	Joana Maria de Almeida Pereira Vilela

Distinções

Outra distinção

2023	ERC Portugal Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2021	CEEC (FCT Scientific Stimulus) contract - Principal Researcher Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2019	CEEC (FCT Scientific Stimulus) contract - Auxiliary Researcher Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2014	FCT Researcher contract - Auxiliary Researcher Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2009	Post-doctoral grant Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2004	PhD grant Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal
2002	PRODEP internship grant Universidade do Porto Faculdade de Ciências, Portugal